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Fue elegido alcalde de Medellín para el periodo 2004-2007; cargo al que había aspirado sin éxito anteriormente.
Obtuvo la victoria el 26 de octubre de 2003 avalado por el por la Alianza Social Indígena y con el apoyo de intelectuales, artistas y empresarios,[6] obteniendo la votación más alta registrada en la historia para la Alcaldía de Medellín, 208.541 votos, frente a 100.931 votos de su principal contendiente Sergio Naranjo Pérez del Partido Conservador Colombiano.[7] Gobernó desde el 1 de enero del 2004 hasta el 31 de diciembre de 2007, y su sucesor fue Alonso Salazar, que había pertenecido al gabinete de Fajardo. Terminó su gobierno en el 2007, con un índice de popularidad del 80%.[8].
En su programa de gobierno, Medellín la más educada"), se promovió la construcción de «parques biblioteca» en los diferentes barrios de la ciudad. Esta estrategia propuso una visión urbana centrada en la equidad, la dignidad y la inclusión, bajo el principio de construir lo mejor para los más humildes.[9] El urbanismo social entendía que las intervenciones físicas debían ir acompañadas de procesos sociales y culturales, y se materializó a través de los Proyectos Urbanos Integrales (PUI), una herramienta de planificación participativa que combinaba acciones en educación, salud, espacio público, vivienda, empleo y cultura.[10] Estos proyectos se enfocaron en las zonas más pobres y excluidas de la ciudad, como las comunas Nororiental, Moravia y la Comuna 13, donde se construyeron obras emblemáticas como el Metrocable,[11] los Parques Biblioteca, centros de salud, colegios de calidad y paseos peatonales.[12] Los resultados incluyeron la triplicación del espacio público por habitante en algunas zonas, mejoras significativas en la calidad de vida y un cambio de mentalidad colectiva. El modelo fue reconocido internacionalmente, replicado en otros países y dejó como legado el plan “Proyecto Medellín 2008–2015” para garantizar su continuidad.[13] En urbanismo dicho modelo ha sido llamado el «modelo Medellín».[9] El programa “Medellín, la más educada”, que en 2009 recibió el City to City Barcelona FAD Award, otorgado por el Fomento de las Artes y del Diseño (FAD), como reconocimiento a su enfoque innovador en infraestructura educativa, inclusión social y promoción de la cultura ciudadana.[10].
Durante su administración como alcalde de Medellín (2004–2007), implementó una serie de programas sociales y de infraestructura que fueron reconocidos a nivel nacional e internacional. Se redujo la tasa promedio de homicidios en Medellín de aproximadamente 40.1% por cada 100 000 habitantes, en contraste con los 98.2 registrados en 2003 bajo gobiernos anteriores, lo que representa una reducción cercana al 59 %. Hubo una disminución del 60.04 % en la tasa de hurtos, ya que la tasa promedio de esos delitos fue de 577.1 casos por cada 100,000 habitantes, frente a los 1,059.9 de periodos pasados. Además de la Biblioteca España, en esta gestión se construyeron cinco bibliotecas públicas y cuatro Parques Biblioteca, concebidos como centros culturales, educativos y comunitarios.
En su período como alcalde se emitió el programa semanal «Con el alcalde»,[14] en el canal local de televisión Telemedellín, en el cual «desde un lugar distinto de la ciudad para abordar diversos temas e interactuar con las personas», con el propósito de tener mayor cercanía con la ciudadanía. Iniciando así un programa televisivo con el alcalde como protagonista y que otros mandatarios locales continuaron, aunque con diferente nombre, pero bajo la misma premisa de cercanía con los ciudadanos y promoción de las actividades de la alcaldía en la ciudad.
Críticas à gestão
Segundo o telegrama diplomático, divulgado pelo WikiLeaks em 2009, Sergio Fajardo negou categoricamente qualquer ligação com a organização de Diego Fernando Murillo, vulgo “Don Berna”, e rejeitou rumores de um alegado acordo com esse grupo paramilitar para facilitar a sua administração em Medellín. Fajardo explicou que Don Berna foi formalmente desmobilizado como chefe do Bloco Cacique Nutibara dentro do processo de Justiça e Paz promovido pelo governo de Álvaro Uribe (2003-2006), um processo liderado diretamente pela Presidência e pelo Alto Comissariado para a Paz, sem intervenção dos prefeitos.[15].
Durante seu mandato (2004-2007), Medellín recebeu cerca de 868 desmobilizados entregues pelo Governo Nacional, e a administração municipal implementou o Programa de Paz e Reconciliação, acompanhado pela Missão da OEA de Apoio ao Processo de Paz (MAPP-OEA).[16] Vários estudos académicos indicam que foi uma experiência pioneira no país em termos de reinserção social e educativa, mas sem interferência nas negociações de desarmamento ou na relação direta com estruturas paramilitares.[17].
Nos anos posteriores, alguns meios de comunicação e analistas usaram o termo “dobernabilidade” para descrever o controle de facto que Don Berna manteve em certos bairros de Medellín após a desmobilização. No entanto, investigações jornalísticas e acadêmicas enfatizam que essa influência foi estabelecida antes de 2004 e fora da Prefeitura, sem evidências da participação de Fajardo em pactos ou acordos com o referido ator armado.[18] Fajardo não teve nenhum processo judicial ou criminal aberto por essas acusações.
Durante sua prefeitura, foi criticado por não realizar nenhum tipo de programa para localizar ou reconhecer a existência de pessoas desaparecidas durante a Operação Orion, ocorrida em 2002, liderada pela então ministra da Defesa Marta Lucía Ramírez. Grupos de direitos humanos acusaram esta operação de ter sido realizada em conjunto com o grupo paramilitar Cacique Nutibara[19], na qual vários civis foram assassinados e desapareceram, supostamente no depósito de entulho localizado na Comuna 13 chamado "La Escombrera", um dos dois locais habilitados em Medellín para receber entulhos de construção, conforme denunciado pelo ex-procurador Alejandro Ordóñez.[20][21] Todos os anos a comunidade da Comuna 13 comemora os acontecimentos daquela operação em busca da verdade e da reparação.[22].
Os desaparecimentos atribuídos ao Bloco Cacique Nutibara e outros grupos armados ocorreram principalmente antes de 2004.[23] No governo Fajardo foi criado o Programa de Atenção às Vítimas do Conflito Armado (Convênio Municipal 045 de 2006), que atuava na reparação jurídica, na atenção psicossocial e na memória histórica. Entre as suas iniciativas destacaram-se os “museus comunitários”, o concurso “Experiências Comunitárias de Memória do Conflito Armado”, em coordenação com organizações de vítimas e o Ministério Público.[24].