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Fue elegido alcalde de Medellín para el periodo 2004-2007; cargo al que había aspirado sin éxito anteriormente.
Obtuvo la victoria el 26 de octubre de 2003 avalado por el por la Alianza Social Indígena y con el apoyo de intelectuales, artistas y empresarios,[6] obteniendo la votación más alta registrada en la historia para la Alcaldía de Medellín, 208.541 votos, frente a 100.931 votos de su principal contendiente Sergio Naranjo Pérez del Partido Conservador Colombiano.[7] Gobernó desde el 1 de enero del 2004 hasta el 31 de diciembre de 2007, y su sucesor fue Alonso Salazar, que había pertenecido al gabinete de Fajardo. Terminó su gobierno en el 2007, con un índice de popularidad del 80%.[8].
En su programa de gobierno, Medellín la más educada"), se promovió la construcción de «parques biblioteca» en los diferentes barrios de la ciudad. Esta estrategia propuso una visión urbana centrada en la equidad, la dignidad y la inclusión, bajo el principio de construir lo mejor para los más humildes.[9] El urbanismo social entendía que las intervenciones físicas debían ir acompañadas de procesos sociales y culturales, y se materializó a través de los Proyectos Urbanos Integrales (PUI), una herramienta de planificación participativa que combinaba acciones en educación, salud, espacio público, vivienda, empleo y cultura.[10] Estos proyectos se enfocaron en las zonas más pobres y excluidas de la ciudad, como las comunas Nororiental, Moravia y la Comuna 13, donde se construyeron obras emblemáticas como el Metrocable,[11] los Parques Biblioteca, centros de salud, colegios de calidad y paseos peatonales.[12] Los resultados incluyeron la triplicación del espacio público por habitante en algunas zonas, mejoras significativas en la calidad de vida y un cambio de mentalidad colectiva. El modelo fue reconocido internacionalmente, replicado en otros países y dejó como legado el plan “Proyecto Medellín 2008–2015” para garantizar su continuidad.[13] En urbanismo dicho modelo ha sido llamado el «modelo Medellín».[9] El programa “Medellín, la más educada”, que en 2009 recibió el City to City Barcelona FAD Award, otorgado por el Fomento de las Artes y del Diseño (FAD), como reconocimiento a su enfoque innovador en infraestructura educativa, inclusión social y promoción de la cultura ciudadana.[10].
Durante su administración como alcalde de Medellín (2004–2007), implementó una serie de programas sociales y de infraestructura que fueron reconocidos a nivel nacional e internacional. Se redujo la tasa promedio de homicidios en Medellín de aproximadamente 40.1% por cada 100 000 habitantes, en contraste con los 98.2 registrados en 2003 bajo gobiernos anteriores, lo que representa una reducción cercana al 59 %. Hubo una disminución del 60.04 % en la tasa de hurtos, ya que la tasa promedio de esos delitos fue de 577.1 casos por cada 100,000 habitantes, frente a los 1,059.9 de periodos pasados. Además de la Biblioteca España, en esta gestión se construyeron cinco bibliotecas públicas y cuatro Parques Biblioteca, concebidos como centros culturales, educativos y comunitarios.
En su período como alcalde se emitió el programa semanal «Con el alcalde»,[14] en el canal local de televisión Telemedellín, en el cual «desde un lugar distinto de la ciudad para abordar diversos temas e interactuar con las personas», con el propósito de tener mayor cercanía con la ciudadanía. Iniciando así un programa televisivo con el alcalde como protagonista y que otros mandatarios locales continuaron, aunque con diferente nombre, pero bajo la misma premisa de cercanía con los ciudadanos y promoción de las actividades de la alcaldía en la ciudad.
Críticas a la gestión
Según el cable diplomático, filtrado por WikiLeaks en 2009, Sergio Fajardo negó tajantemente cualquier vínculo con la organización de Diego Fernando Murillo, alias “Don Berna”, y rechazó los rumores de un supuesto acuerdo con ese grupo paramilitar para facilitar su administración en Medellín. Fajardo explicó que Don Berna se desmovilizó formalmente como jefe del Bloque Cacique Nutibara dentro del proceso Justicia y Paz impulsado por el gobierno de Álvaro Uribe (2003-2006), proceso conducido directamente por la Presidencia y el Alto Comisionado para la Paz, sin intervención de las alcaldías.[15].
Durante su mandato (2004-2007), Medellín recibió a cerca de 868 desmovilizados entregados por el Gobierno Nacional, y la administración municipal implementó el Programa Paz y Reconciliación, acompañado por la Misión de Apoyo al Proceso de Paz de la OEA (MAPP-OEA).[16] Diversos estudios académicos señalan que se trató de una experiencia pionera en el país en materia de reintegración social y educativa, pero sin injerencia en las negociaciones de desarme ni en la relación directa con estructuras paramilitares.[17].
En años posteriores, algunos medios y analistas usaron el término “donbernabilidad” para describir el control de facto que Don Berna mantuvo en ciertos barrios de Medellín después de la desmovilización. Sin embargo, investigaciones periodísticas y académicas subrayan que esa influencia se configuró antes de 2004 y al margen de la Alcaldía, sin evidencia de participación de Fajardo en pactos o acuerdos con dicho actor armado.[18] Fajardo no ha tenido ningún proceso judicial o penal abierto por estas acusaciones.
Durante su alcaldía fue criticado porque no realizar ningún tipo de programa para ubicar o reconocer la existencia de personas desaparecidas durante la operación Orión, que tuvo lugar en el año 2002, que estuvo al mando de la entonces ministra de Defensa Marta Lucía Ramírez. Grupos de Derechos Humanos han acusado dicha operación de haberse realizado en conjunto con el grupo paramilitar Cacique Nutibara[19] en la cual varios civiles fueron asesinados y desaparecidos, supuestamente en el vertedero de escombros ubicado en la Comuna 13 denominado "La Escombrera" uno de dos sitios habilitados en Medellín para recibir escombros de construcción, como lo denunció el exprocurador Alejandro Ordóñez.[20][21] Todos los años la comunidad de la Comuna 13 conmemora los hechos de aquella operación en búsqueda de verdad y reparación.[22].
Las desapariciones atribuidas al Bloque Cacique Nutibara y a otros grupos armados ocurrieron principalmente antes de 2004.[23] Durante la administración de Fajardo se creó el Programa de Atención a Víctimas del Conflicto Armado (Acuerdo Municipal 045 de 2006), que trabajó en reparación jurídica, atención psicosocial y memoria histórica. Entre sus iniciativas se destacaron los “museos comunitarios”, el concurso “Experiencias Comunitarias de Memoria del Conflicto Armado”, en articulación con organizaciones de víctimas y la Fiscalía.[24].