La construcción del templo la inició a comienzos del siglo a. C. el rey nubio Adijalamani de Meroe, quien levantó una capilla dedicada a los dioses Amón e Isis. La capilla, decorada con relieves, es uno de los pocos lugares donde se documenta a este monarca. Los otros monumentos de Adikhalamani son su estela de Filé "File (Egipto)") (fragmentada, y reutilizada en la ampliación del templo de Isis realizada por Ptolomeo V Epífanes) y su tumba en Meroe. Posteriormente, distintos reyes de la Dinastía Ptolemaica construyeron nuevas estancias alrededor del núcleo original hasta darle un aspecto cercano al actual. Tras la anexión de Egipto por el Imperio romano, fueron los emperadores Augusto, Tiberio y, tal vez Adriano, quienes culminaron la construcción y decoración del edificio. Con el cierre de los santuarios de Isis en Filé en el siglo , el templo dejó de ser lugar de culto pagano, y comenzó su progresivo abandono y deterioro.
Como ya se ha comentado, el rey Ptolomeo IV Filópator o más probablemente el rey nubio Adijalamani (Adikhalamani) de Meroe, mandó construir hacia el año 200 a. C. una capilla en honor del dios Amón de Debod, en la localidad de Debod, al sur de Egipto (en el lugar donde se encontraban los restos de un antiguo edificio cultual ramésida). Se trata de la capilla conocida como «capilla de los relieves», o «capilla de Adijalamani», donde pueden verse inscripciones referidas a Amón. En los relieves de la capilla aparecen también escenas rituales donde se dice que «el rey Adijalamani ordena construir el monumento en honor a su padre Amón» y que «Amón habita en Debod». El templo surge estrechamente vinculado a un hecho histórico de extraordinaria importancia en la historia del Egipto ptolemaico: la llamada "Secesión Tebana". En este momento, durante veinte años (205-185 a. C.) todo el Alto Egipto será independiente del poder lágida alejandrino; la Tebaida, como estado independiente, tendrá sus propios reyes. Estas disensiones internas en Egipto permiten a los kushitas avanzar hasta Filé, ocupando todo el Dodekaschoenos, lo cual explica su presencia en la misma Filé, en Kalabsha, en Dakkah y en Debod.
Amón de Debod va a ser la divinidad principal del templo. Poco a poco Isis lo irá desplazando de este lugar preeminente, pero ciertos indicios hacen pensar a los investigadores que, a fines de la época ptolemaica, Amón de Debod recuperará su papel de divinidad principal del templo.
Adijalamani llevará a Debod divinidades nubias (es el caso de Apedemak, el poderoso dios león dinástico meroíta, que aparece mencionado en el dintel de acceso a la Capilla de Adijalamani –este bloque se encuentra hoy en el museo del templo, es decir en su terraza superior). Se trata de la mención más septentrional conocida de este dios león meroítico.
En época ptolemaica se amplió el santuario con nuevas estancias, siguiendo una política tradicional que dejaba "invisible" el edificio previo (el núcleo arquitectónico inicial), el cual quedaba rodeado por las adiciones ptolemaicas, visibles al exterior. Ptolomeo VI Filómetor, una vez restaurado en Nubia el dominio lágida, consagra a Isis el templo de Debod. Ptolomeo VIII Evérgetes dedicó en el templo un naos a Isis y tal vez añadió otra sala a la capilla inicial. Ptolomeo XII Auletes dedicó otro naos (hoy perdido) al dios Amón de Debod.
Con la llegada de los romanos y la incorporación de Egipto al Imperio, se realizaron nuevas obras de ampliación en el templo, fechables bajo los principados de Augusto y Tiberio:.
• - Construcción de un pronaos de fachada hipóstila (4 columnas de orden floral, dos de los capiteles inacabados) con acceso flaqueado por muros intercolumnios.
• - Relieves al exterior en los mencionados intercolumnios (Augusto ante los dioses Isis, Osiris, Amón de Debod y Maahes o Mahesa).
• - Decoración completa de los muros interiores del pronaos (o vestíbulo) hipóstilo; Augusto habría comenzado esta decoración, que sería terminada por Tiberio.
• - Construcción de un edificio anexo, adosado al templo, que se ha venido considerando un mammisi.
Los romanos llevarán al templo nuevas divinidades, vinculadas mayoritariamente al orden teológico de Filé. En las proximidades del templo, aunque fuera del área religiosa y de necrópolis, hay autores que piensan que se instaló una pequeña guarnición romana, denominada —en la topografía de la zona— Parembole, pero lo cierto es que no se ha encontrado vestigio militar romano alguno en el área, ni ningún grafiti en latín sobre el templo que lo corrobore.
Es probable que debamos a los emperadores Antoninos algunas de las reformas arquitectónicas últimas del templo grecorromano. A partir del reinado de Diocleciano, la zona sufre con especial intensidad los ataques de los nómadas, en lo que parece ser una Völkerwanderung nubia de doble dirección: sentido sur-norte y desiertos-Nilo. Los romanos abandonan la frontera de Maharraqa, que se retrotrae a Filé. Todos los campamentos romanos al sur de Filé se levantan. La Nubia, y por tanto Debod, quedan a merced de los nómadas blemios, que dejan su peculiar huella (tanto epigráfica como iconográfica) en los muros del santuario. Cuando el emperador Teodosio I fija el cierre de todos los templos paganos del Imperio (a excepción de Filé), Debod ya no está sensu stricto bajo la órbita romana.
Más tarde, el emperador Justiniano (siglo d. C.) decretaría el cierre de los pocos templos paganos que aún estuvieran funcionando en todo el Imperio Bizantino (del cual Egipto era una provincia). Con este decreto, los templos egipcios dedicados a los dioses tradicionales fueron también clausurados. La medida legal justinianea afectó en Egipto fundamentalmente a dos templos de larga tradición: al oráculo de Zeus-Ammón en Siwa y al templo de Isis en Filé. El culto isíaco en Filé fue eliminado y su recinto ocupado por una comunidad cristiana que consagró el templo a San Esteban. En ese momento comenzó la cristianización de Nubia. En Debod hay huellas de la etapa cristiana.
Debod será visitado durante la Tardoantigüedad, la Edad Media y la Edad Moderna, por nómadas, por peregrinos paganos (que dejan sobre sus muros proskynemata[4]) y por cristianos; finalmente, será un edificio ocupado de forma ocasional por musulmanes. Todos estos grupos humanos dejarán su impronta en los muros milenarios del templo, como posteriormente lo harán los viajeros románticos. La toponimia del lugar mantendrá el nombre original, egipcio (ta-Hut), deformado en "Dabud", "Debod".
La primera descripción exacta del edificio que se tuvo en Europa elaboró en el año 1813 el explorador suizo Johann Ludwig Burckhardt cuando viajaba por una misión para La Asociación Africana Británica. El mismísimo Champollion visitó Debod, dejando una breve referencia del edificio. A lo largo del siglo , el templo fue nuevamente visitado por exploradores y egiptólogos que ofrecieron una descripción gráfica y mostraron indirectamente en sus trabajos el paulatino deterioro del edificio. He aquí, a modo de ejemplo, cómo se describía el templo en el diario de un viajero ruso (Joseph Ssenkowsky, profesor de lenguas orientales en la Universidad de San Petersburgo), en la primavera de 1821: "En Wadi Debod hay un pequeño templo de tan sólo 75 pies de longitud, en muy buen estado de conservación. Frente a él se hallan tres moles, alineadas, que sirvieron en su día de accesos a través de diversos muros que debieron rodear el templo. Hoy, tan sólo los restos del segundo de estos muros es visible. Este templo contiene, además del vestíbulo, siete cámaras de las cuales sólo la central está decorada con relieves. Parece que debió estar dedicado a Isis. Su proximidad a Filé me convence de que se trata de la antigua Parembole, lugar que se hallaba tan sólo a 16 000 pasos de Asuán".
Cuando en 1907 se construyó en aquel territorio la primera presa (conocida como la presa baja de Asuán), el templo se vio afectado en gran medida, ya que permanecía unos nueve meses al año bajo las aguas. La inundación casi constante del templo provocó la pérdida de la policromía y el daño de algunos de sus relieves. La piedra arenisca también sufrió un gran desgaste. Esta erosión ocasionada por las aguas del Nilo se añadía a los desperfectos que había provocado en su día el terremoto de 1868. A la vista de estos daños, el Servicio de Antigüedades de Egipto pidió al arquitecto egipcio al-Barsanti que procediera a su restauración. Tras la conclusión de la obra, el alemán Günther Roeder llevó a cabo un estudio exhaustivo con documentación fotográfica, dibujos de planos, alzados y comentarios. Su trabajo sigue siendo la referencia bibliográfica fundamental del edificio, un siglo después.
En el año 1961, a causa de la construcción de la nueva presa de Asuán, el templo (y otros edificios) fue desmontado por una misión arqueológica polaca (que localiza los niveles más antiguos del edificio, de época ramésida —Seti II—) y sus piedras son depositadas en la isla Elefantina hasta su posterior traslado al puerto de Alejandría. Desde este puerto hizo su viaje final hasta llegar a España, tras una cesión diplomáticamente compleja, llena de luces y sombras, en la que prestigio, dinero, instituciones y organismos oficiales estuvieron en el núcleo de una negociación difícil y dura (en clara contradicción con las declaraciones oficiales que hasta el día de hoy se mantienen) como ha demostrado Jambrina (v. bibliografía).
En su nuevo emplazamiento, el santuario egipcio fue inaugurado el 18 de julio de 1972 por Carlos Arias Navarro, alcalde de Madrid.