• - El 2 de octubre de 1996 un tren de la Línea A "Línea A (Metro de Medellín)") descarriló haciendo maniobras de retorno en la Estación Poblado "Estación Poblado (Metro de Medellín)"), no se reportaron heridos y el tren fue llevado a los talleres poco después para ser revisado y reparado.[42].
• - El 12 de enero de 2014, un muro de contención en la margen izquierda del Río Medellín entre las estaciones Ayurá "Estación Ayurá (Metro de Medellín)") y Envigado "Estación Envigado (Metro de Medellín)") de la Línea A "Línea A (Metro de Medellín)") se derrumbó debido a las altas lluvias y falta de mantenimiento en la canalización, el servicio estuvo suspendido entre las estaciones Aguacatala "Estación Aguacatala (Metro de Medellín)") y La Estrella "Estación La Estrella (Metro de Medellín)") por 10 días.[43].
• - El 13 de marzo de 2014, nuevamente hubo un deslizamiento en un muro de contención del Río Medellín entre las estaciones Aguacatala "Estación Aguacatala (Metro de Medellín)") y Ayurá "Estación Ayurá (Metro de Medellín)") de la Línea A "Línea A (Metro de Medellín)"), paralizando 6 estaciones del sur y causando caos en la movilidad, el servicio estuvo suspendido por 11 días.[44].
• - En la madrugada del 22 de julio de 2018, un grupo de cinco grafiteros que se encontraban vandalizando un tren estacionado entre las estaciones Poblado "Estación Poblado (Metro de Medellín)") y Aguacatala "Estación Aguacatala (Metro de Medellín)"), fueron arrollados por un tren realizando inspecciones previas al inicio del servicio comercial, tres personas fallecieron, dos resultaron ilesos y escaparon del lugar.[45].
• - El 7 de enero de 2020, un cable que estaba siendo montado en las pilonas del nuevo Metrocable Línea P "Línea P (Metrocable de Medellín)"), cayó sobre una gasolinera y la Autopista Norte "Autopista Norte (Medellín)"), dejando como saldo a 7 personas heridas y daños estructurales considerables en la estación de servicio.[46].
• - El 21 de marzo de 2021, debido a las fuertes lluvias, ocurrió un derrumbe de tierra al lado de la vía férrea entre las estaciones Acevedo "Estación Acevedo (SITVA)") y Madera "Estación Madera (Metro de Medellín)"), causando demoras en el servicio, la Línea A "Línea A (Metro de Medellín)") operó con normalidad entre La Estrella "Estación La Estrella (Metro de Medellín)") y Acevedo "Estación Acevedo (SITVA)"), mientras que la sección restante hacia Niquía "Estación Niquía (Metro de Medellín)") operó con trenes cada 15 minutos y apoyado por buses padrones del Metroplús. La línea A volvió a operar con normalidad hasta el 5 de abril. [47].
• - El 16 de junio de 2022, debido a las fuertes lluvias un socavón se generó al lado de la vía férrea entre las estaciones Caribe "Estación Caribe (Metro de Medellín)") y Tricentenario "Estación Tricentenario (Metro de Medellín)"), separando la Línea A "Línea A (Metro de Medellín)") en dos, trenes operaban entre Niquía "Estación Niquía (Metro de Medellín)") - Acevedo "Estación Acevedo (SITVA)") y Caribe "Estación Caribe (Metro de Medellín)") - La Estrella "Estación La Estrella (Metro de Medellín)") con frecuencias reducidas, y requiriendo transbordos a buses del metro para realizar el viaje completo, causando caos en la movilidad del Área Metropolitana por una semana.[48].
• - El 3 de febrero de 2022, dos trabajadores del metro fueron arrollados por un tren en la Estación Sabaneta "Estación Sabaneta (Metro de Medellín)") mientras realizaban inspecciones rutinarias en las vías.[49].
• - El 28 de agosto del 2023 una falla técnica en un tren saliendo de la Estación Industriales "Estación Industriales (Metro de Medellín)") durante la hora pico de la tarde causó descontrol cuando pasajeros a lo largo de la Línea A "Línea A (Metro de Medellín)") decidieron caminar por las vías, haciendo caso omiso a las instrucciones del personal operativo, esto causó que el servicio en las Líneas A "Línea A (Metro de Medellín)") y B "Línea B (Metro de Medellín)") fueran suspendidos de manera indefinida, junto a las líneas de Metrocable K "Línea K (Metrocable de Medellín)"), P "Línea P (Metrocable de Medellín)") y J "Línea J (Metrocable de Medellín)") hasta garantizar una operación segura. El servicio reanudó a las 8:18 de la noche.[50].
• - El 2 de noviembre de 2023 dos tranvías de la Línea T chocaron contra un bus de servicio público y dos motocicletas cerca de la Parada San José "Estación San José (Metro de Medellín)"), 15 personas resultaron heridas. Según testigos, el tranvía que iba en dirección Oriente-San Antonio omitió una señal de alto.[51].
• - El 26 de junio de 2024, se registró la colisión entre dos telecabinas del Metrocable Línea K "Línea K (Metrocable de Medellín)") sobre la plazoleta oriental de la Estación Popular "Estación Popular (Metrocable de Medellín)"), lo que resultó en el descuelgue e inmediata caída de una de las cabinas sobre la vía pública, en la cual viajaban 11 pasajeros. El accidente deja un saldo de 20 personas heridas y un fallecido.[52].
• - El 21 de octubre de 2024, ocurrió un incidente en la Línea C "Línea C (Metro de Medellín)") (o línea de enlace) luego de que ocurriera un corto circuito en la catenaria mientras pasaba un tren sin servicio causando daños y la suspensión del servicio en la Línea B "Línea B (Metro de Medellín)"), y servicio reducido en la Línea A "Línea A (Metro de Medellín)"), generando caos en movilidad durante 4 horas. Las hipótesis apuntan a que un rayo cayó en la zona durante el fin de semana, o incluso el mismo día del incidente. [53].
• - El 20 de abril de 2025, se registró un daño en la catenaria "Catenaria (ferrocarril)") en horas de la tarde, cerca de la estación Universidad "Estación Universidad (Metro de Medellín)"), debido a un rayo que cayó en la zona, lo cual obligó a prestar el servicio de la Línea A "Línea A (Metro de Medellín)") sólo entre Prado "Estación Prado (Metro de Medellín)") y La Estrella "Estación La Estrella (Metro de Medellín)") por el resto de la jornada mientras se solucionaba el incidente.[54] El servicio completo de la línea A se restableció a primera hora del lunes 21 de abril.[55].
• - El 20 de octubre de 2025, debido a las fuertes lluvias un socavón se generó en la vía férrea entre las estaciones Poblado "Estación Poblado (Metro de Medellín)") y Aguacatala "Estación Aguacatala (Metro de Medellín)"). Debido a ello, la Línea A "Línea A (Metro de Medellín)") operaba entre Niquía "Estación Niquía (Metro de Medellín)") - Poblado "Estación Poblado (Metro de Medellín)") y Aguacatala "Estación Aguacatala (Metro de Medellín)") - La Estrella "Estación La Estrella (Metro de Medellín)"), mientras que el tramo afectado (Poblado - Aguacatala) fue apoyado por buses padrones del Metroplús. Las rutas integradas de los municipios del sur estuvieron integrando en la estación Poblado, causando caos en la movilidad.[56] La línea A volvió a operar con normalidad a partir del 26 de octubre. [57].