• - Em 2 de outubro de 1996, um trem da Linha A "Linha A (Metrô de Medellín)") descarrilou durante manobras de retorno na Estação Poblado "Estação Poblado (Metrô de Medellín)"), nenhum ferido foi relatado e o trem foi levado às oficinas logo depois para ser inspecionado e reparado.[42].
• - Em 12 de janeiro de 2014, um muro de contenção na margem esquerda do rio Medellín entre as estações Ayurá "Estación Ayurá (Metrô de Medellín)") e Envigado "Estación Envigado (Metrô de Medellín)") da Linha A "Linha A (Metrô de Medellín)") desabou devido ao alto índice pluviométrico e à falta de manutenção na tubulação, o serviço foi suspenso entre as estações Aguacatala "Estação Aguacatala (Medellín) Metro)") e La Estrella "Estação La Estrella (Metrô de Medellín)") por 10 dias.[43].
• - Em 13 de março de 2014, ocorreu novamente um deslizamento de terra em um muro de contenção do rio Medellín entre as estações Aguacatala "Estación Aguacatala (Metrô de Medellín)") e Ayurá "Estación Ayurá (Metrô de Medellín)") da Linha A "Linha A (Metrô de Medellín)"), paralisando 6 estações no sul e causando caos na mobilidade, o serviço foi suspenso por 11 dias.[44].
• - Na madrugada de 22 de julho de 2018, um grupo de cinco grafiteiros que vandalizavam um trem estacionado entre as estações Poblado "Estación Poblado (Metrô de Medellín)") e Aguacatala "Estación Aguacatala (Metrô de Medellín)"), foram atropelados por um trem que realizava inspeções antes do início do serviço comercial, três pessoas morreram, duas saíram ilesas e escaparam do local.[45].
• - Em 7 de janeiro de 2020, um cabo que estava sendo montado nos postes da nova Linha P do Metrocable "Linha P (Metrocable de Medellín)"), caiu sobre um posto de gasolina e a Autopista Norte "Autopista Norte (Medellín)"), deixando 7 pessoas feridas e danos estruturais consideráveis no posto de serviço.[46].
• - Em 21 de março de 2021, devido às fortes chuvas, ocorreu um deslizamento de terra próximo à ferrovia entre as estações Acevedo "Estación Acevedo (SITVA)") e Madera "Estación Madera (Metro Medellín)"), causando atrasos no serviço, Linha A "Linha A (Metro Medellín)") operava normalmente entre La Estrella "Estação La Estrella (Metro Medellín)" Medellín)") e Acevedo "Estación Acevedo (SITVA)"), enquanto o trecho restante em direção a Niquía "Estación Niquía (Metrô de Medellín)") operava com trens a cada 15 minutos e era apoiado por ônibus padrão Metroplús. A Linha A voltou a operar normalmente até 5 de abril. [47].
• - Em 16 de junho de 2022, devido às fortes chuvas, foi gerado um sumidouro próximo à ferrovia entre as estações Caribe "Estación Caribe (Metrô de Medellín)") e Tricentenario "Estación Tricentenario (Metrô de Medellín)"), separando a Linha A "Linha A (Metrô de Medellín)") em duas, trens operados entre Niquía "Estação Niquía (Metrô de Medellín)" Medellín)") - Acevedo "Estación Acevedo (SITVA)") e Caribe "Estación Caribe (Medellín Metro)") - La Estrella "Estación La Estrella (Medellín Metro)") com frequências reduzidas, e exigindo transferências para ônibus do metrô para fazer a viagem completa, causando caos na mobilidade da Região Metropolitana por uma semana.[48].
• - Em 3 de fevereiro de 2022, dois trabalhadores do metrô foram atropelados por um trem na Estação Sabaneta "Estação Sabaneta (Metrô de Medellín)") enquanto realizavam inspeções de rotina nos trilhos.[49].
• - Em 28 de agosto de 2023, uma falha técnica em um trem que saía da Estação Industriales "Estación Industriales (Metrô de Medellín)") durante o horário de pico da tarde causou o caos quando os passageiros da Linha A "Linha A (Metrô de Medellín)") decidiram caminhar pelos trilhos, ignorando as instruções da equipe operacional, isso fez com que o serviço nas Linhas A "Linha A (Metrô de Medellín)") e B "Linha B (Metrô de Medellín)") fosse suspenso por tempo indeterminado, junto com Linhas Metrocable K "Linha K (Medellín Metrocable)"), P "Linha P (Medellín Metrocable)") e J "Linha J (Medellín Metrocable)") até que a operação segura seja garantida. O serviço foi retomado às 20h18[50].
• - Em 2 de novembro de 2023, dois bondes da Linha T colidiram com um ônibus de serviço público e duas motocicletas próximo à parada San José "Estação San José (Metrô de Medellín)"), deixando 15 feridos. Segundo testemunhas, o bonde que seguia Oriente-San Antonio omitiu uma placa de pare.[51].
• - Em 26 de junho de 2024, foi registrada uma colisão entre dois teleféricos da Linha K do Metrocable "Linha K (Metrocable de Medellín)") na praça leste da Estação Popular "Estación Popular (Metrocable de Medellín)"), que resultou no levantamento e queda imediata de uma das cabines na via pública, na qual viajavam 11 passageiros. O acidente deixou 20 pessoas feridas e uma morta.[52].
• - Em 21 de outubro de 2024, ocorreu um incidente na Linha C "Linha C (Metrô de Medellín)") (ou linha de ligação) após um curto-circuito ocorrido na catenária durante a passagem de um trem sem serviço, causando danos e a suspensão do serviço na Linha B "Linha B (Metrô de Medellín)"), e redução do serviço na Linha A "Linha A (Metrô de Medellín)"), gerando caos na mobilidade por 4 horas. As hipóteses sugerem que um raio atingiu a área durante o fim de semana, ou mesmo no mesmo dia do incidente. [53].
• - Em 20 de abril de 2025, foram registrados danos na catenária "Catenaria (ferrovia)") à tarde, próximo à estação Universidad "Estación Universidad (Metrô de Medellín)"), devido a um raio que caiu na área, o que obrigou o serviço da Linha A "Linha A (Metrô de Medellín)") a ser prestado apenas entre Prado "Estación Prado (Metrô de Medellín)") e La Estrella "Estação La Estrella" (Metrô de Medellín)") pelo resto do dia enquanto o incidente era resolvido.[54] O serviço completo na linha A foi restaurado na manhã de segunda-feira, 21 de abril.[55].
• - Em 20 de outubro de 2025, devido às fortes chuvas, foi gerado um sumidouro na ferrovia entre as estações Poblado "Estación Poblado (Metrô de Medellín)") e Aguacatala "Estación Aguacatala (Metrô de Medellín)"). Devido a isso, a Linha A "Linha A (metrô de Medellín)") operava entre Niquía "Estação Niquía (metrô de Medellín)") - Poblado "Estação Poblado (metrô de Medellín)") e Aguacatala "Estação Aguacatala (metrô de Medellín)") - La Estrella "Estação La Estrella (metrô de Medellín)"), enquanto o trecho afetado (Poblado - Aguacatala) era apoiado por ônibus da Metroplús. As rotas integradas dos municípios do sul foram se integrando à estação Poblado, causando caos na mobilidade.[56] A Linha A voltou a operar normalmente a partir de 26 de outubro.