As soluções minerais para fornecer os nutrientes necessários às culturas hidropónicas não foram desenvolvidas até ao século XX. Os jardins para cobrir partes dos lagos dos astecas (chinampas) utilizavam terra. Os Jardins Suspensos da Babilônia eram jardins supostamente irrigados pelo telhado, mas não há evidências de que usassem hidroponia.
A ideia de cultivar plantas em áreas ambientalmente controladas também existia em Roma. O imperador romano Tibério introduziu o cultivo do pepino[3] usando técnicas hidropônicas.
O estudo da hidroponia remonta a 382 AC. C. mas a primeira informação escrita data de 1600, quando o belga Jan van Helmont documentou a sua experiência de que as plantas obtinham substâncias nutritivas a partir da água. O primeiro trabalho publicado sobre o crescimento de plantas terrestres sem solo foi,
Sylva Sylvarum (1627) por Francis Bacon. Depois disso, a técnica da água tornou-se popular nas pesquisas. Em 1699, John Woodward cultivou plantas em água e descobriu
que seu crescimento era resultado de certas substâncias presentes na água obtida do solo, isto ao observar que as plantas cresciam pior em água destilada do que em fontes de
água não tão purificada. Com isso publicou seus experimentos dessa técnica com hortelã. Em 1804, De Saussure expôs o princípio de que as plantas são compostas
por elementos químicos obtidos da água, do solo e do ar. Os primeiros a aperfeiçoar soluções de nutrientes minerais para cultivo sem solo foram os botânicos alemães Julius von Sachs.
e Wilhelm Knop") na década de 1860. O crescimento de plantas terrestres sem solo em soluções minerais (cultura em solução) rapidamente se tornou uma técnica de pesquisa padrão
e ensino e continua a ser amplamente utilizado. Esta técnica é hoje considerada um tipo de cultivo hidropônico.[4].
Em 1928, o professor William Frederick Gericke, da Universidade da Califórnia em Berkeley, na Califórnia, foi o primeiro a sugerir que culturas em solução fossem usadas para a produção de plantas agrícolas. Gericke causou sensação ao cultivar tomates e outras plantas que atingiram tamanhos notáveis (maiores do que aquelas cultivadas no solo) em soluções minerais que o levaram ao seu artigo intitulado "Aquacultura: um meio de produzir colheitas" (1929). Por analogia com o termo geoponia (que significa agricultura no grego antigo), chamou este novo ramo de hidroponia em 1937, embora afirme que o termo foi sugerido pelo Dr. WA Setchell da Universidade da Califórnia a partir de hydros (água) e ponos (cultura/cultivo).
Os relatórios deste trabalho e as afirmações fervorosas de Gericke de que a hidroponia revolucionaria a agricultura provocaram uma enxurrada de pedidos de informações adicionais. Gericke se recusou a revelar seus segredos, pois fazia os estudos em casa e nas horas vagas. Esse fato fez com que ele abandonasse a Universidade da Califórnia. Em 1940, ele escreveu o livro Guia completo para jardinagem sem solo.
Dois outros especialistas em nutrição vegetal da Universidade da Califórnia foram convidados a investigar as alegações de Gericke. Dennis R. Hoagland e Daniel I. Arnon escreveram o típico boletim informativo sobre agricultura em 1938, desmascarando afirmações exageradas feitas sobre a hidroponia. Hoagland e Arnon concluíram que as culturas hidropónicas não eram melhores do que as culturas cultivadas em solo bom. As colheitas foram limitadas por outros factores que não os nutrientes minerais, especialmente a luz. Estas investigações, no entanto, ignoraram o facto de que a hidroponia tinha outras vantagens, incluindo o facto de as raízes da planta terem acesso constante ao oxigénio e de a planta poder ter acesso a tanta ou tão pouca água quanto necessitasse. Este é um dos erros mais comuns quando a cultura é irrigada em excesso ou insuficiente. A hidroponia é capaz de evitar que isso aconteça drenando ou recirculando a água que não é absorvida pela planta. Nas culturas em terra, o agricultor precisa ter experiência suficiente para saber com que quantidade de água deve regar a planta. A solução com a qual as raízes entrarão em contato deve estar suficientemente oxigenada para que o metabolismo radicular não seja prejudicado.
Esses dois pesquisadores desenvolveram diversas fórmulas para soluções nutritivas minerais. Versões modificadas das soluções da Hoagland ainda estão em uso hoje.
Um dos primeiros sucessos da hidroponia ocorreu durante a Segunda Guerra Mundial, quando as tropas americanas no Pacífico implementaram métodos hidropônicos em grande escala para fornecer vegetais frescos às tropas em guerra com o Japão em ilhas onde a terra não estava disponível e era extremamente caro transportá-los.
Na década de 1960, Alen Cooper, na Inglaterra, desenvolveu a Técnica do Filme Nutriente. O Earth Pavilion do Disney's Epcot Center, inaugurado em 1982, destacou diversas técnicas hidropônicas. Nas últimas décadas, a NASA conduziu extensas pesquisas para seu CELSS (Controlled Ecological Life Support System).
Também na década de 1980, diversas empresas começaram a comercializar sistemas hidropônicos. Actualmente (2010) é possível adquirir um kit para montar um pequeno sistema de cultivo hidropónico doméstico por menos de 200€. As técnicas de cultivo sem solo (CSS) são utilizadas em larga escala nos circuitos comerciais de produção de plantas de tabaco, (flutuantes) descartando assim o "Match (sementeira)") em solos que necessitam de brometo de metila para desinfetar o solo de ervas daninhas, patógenos e insetos. Também na Holanda e noutros países com um elevado grau de desenvolvimento na agricultura intensiva, as técnicas de CSS avançaram, desenvolvendo indústrias relacionadas e numerosas tecnologias relacionadas com o desenvolvimento de novos meios de cultivo, tais como perlite, lã de rocha, fibra de coco ou cocopeat, casca de arroz torrada e outros meios apropriados.