Década de 1990 e século 21
Na década de 1990, o Ministério das Obras Públicas editou a Resolução 0830 de 5 de fevereiro de 1992 e alterou a Resolução 09300 de 12 de agosto de 1992 para definir uma nova estrutura e nomenclatura para as rodovias nacionais, separando-as em Rodovias Troncais e Transversais e atribuindo um valor numérico a cada Rota Nacional como referência que passou a ser aplicada em todo o país. Em 1993, o Ministério das Obras Públicas desapareceu e foi criado o Ministério dos Transportes em seu substituto. Em 1993, havia 100 mil km de estradas, dos quais 13 mil foram pavimentados.
Com a abertura econômica do governo de César Gaviria (1990-1994) e com o fim do trem na Colômbia, observou-se a precária infraestrutura rodoviária do país. Muitas das rotas nacionais definidas na Resolução 0830 de 5 de fevereiro de 1992 não haviam sido construídas ou eram estradas de pouca transitabilidade ou importância. Assim, foi editada a Resolução nº 3.700, de 1995, que estabeleceu uma nova nomenclatura para as rodovias nacionais. As rotas principais foram reorganizadas atribuindo-lhes um código numérico, onde as rotas ímpares correspondiam às rotas com direção norte-sul (Troncos) e as rotas pares correspondiam às rotas com direção oeste-leste (Transversais). Da mesma forma, as rotas foram divididas em trechos numerados de 01 a 99 e foram atribuídas variantes, trechos e subtrechos.
A Resolução nº 3.700 de 1995 buscava um traçado ideal da Rede Rodoviária Nacional, mas muitas dessas rotas e trechos não foram criados na época: trechos como Monopamba-Orito, Buga-Chaparral, Leticia-Mitú ou Puerto Inírida-Puerto Carreño não foram construídos e não houve projetos de médio ou longo prazo. Portanto, a Resolução nº 0000339, de 26 de fevereiro de 1999, revoga a Resolução nº 3.700, de 1995 e estabelece uma nova malha viária mantendo o mesmo sistema de códigos numéricos e o sistema de troncos e transversais, mas elimina algumas rotas, redefine novas rotas e acrescenta outras com base na malha viária construída na época e nos projetos, pensando no médio e longo prazo. Outro aspecto importante foi a supressão de muitas Variantes, Ramais e Subramais que se tornaram vias secundárias administradas pelos departamentos ou rotas terciárias administradas pelos municípios.
Para resolver o atraso na infra-estrutura rodoviária, começou a ser aplicado o modelo de concessões rodoviárias e em 1994 nasceu a primeira geração de concessões rodoviárias onde foram assinados 11 contratos para intervir em 1.649 km de estradas e foram construídas as primeiras estradas de dupla faixa de rodagem, sendo as estradas Cali-Cartago e Bogotá-Tunja as primeiras a ter dupla faixa de rodagem. Em 1995 saiu a segunda geração de concessões rodoviárias com 470 km para intervir e em 1998 a terceira geração com 14 contratos e 1.557 km de estradas para intervir, sendo a Ruta del Sol o projecto mais importante desta terceira geração.
Ao longo do século, o sistema de concessões rodoviárias consolida-se como uma alternativa para melhorar a infra-estrutura rodoviária do país, no entanto há muitos casos de corrupção, suborno e peculato que fazem com que muitos dos projectos tenham ficado inacabados ou concluídos com derrapagens de custos significativas. No Decreto 1.735 de 2001, é estabelecida uma nova malha rodoviária nacional. Contudo, este decreto não revoga a Resolução nº 0000339, de 26 de fevereiro de 1999 e mantém o mesmo sistema de nomenclatura. Neste decreto, as estradas foram classificadas com base nos projetos desenvolvidos na primeira, segunda e terceira geração de concessões rodoviárias.
Para o ano de 2006 foi criado o Plano de Integração Rodoviária de Corredores para a Competitividade, onde são melhorados 38 corredores rodoviários, sendo 16 considerados prioritários a serem executados num período de 5 anos que será gerido pela Invías. Da mesma forma, é estabelecido o Programa de Infraestrutura Rodoviária para o Desenvolvimento Regional Plano 2500, que com um investimento de 1,8 bilhão de pesos (dados de 2004) pavimentará 3.160 quilômetros da rede primária, secundária e terciária, que até outubro de 2012 havia sido executado a 79% do planejado. 25.000 km foram pavimentados.
Durante o Governo de Álvaro Uribe. Começou a ser desenvolvido o Plano Rodoviário Regional, que procurou realizar um inventário das estradas secundárias e terciárias por departamento e desta forma estabelecer as diretrizes e metodologias para a sua melhoria e a implementação de novos projetos tendo em conta as necessidades de competitividade.
Com o governo de Juan Manuel Santos (2010-2018), o programa Corredores para a Prosperidade surgiu como complemento ao plano de Integração Rodoviária Corredores para a Competitividade. Este programa é composto por 16 projetos onde serão pavimentados 508 km de estradas e construídas túneis, viadutos e vias duplas. Em 2012, a Colômbia tinha 1.049 km de vias duplas e espera-se que até 2018 o país tenha 3.200 km de vias duplas.[15].
Em 2012, pela Lei 1.508, foram desenvolvidas Associações Público-Privadas ou APPs que permitem a quarta geração de concessões com a intervenção de 8.170 km de estradas. Isto é separado em uma primeira onda com 10 projetos começando em 2014, uma segunda onda com 9 projetos começando em 2015, uma terceira onda com 1 projeto começando em 2016 e uma quarta onda com iniciativas privadas em 9 projetos começando em 2015 e 2016 cuja data estimada de conclusão é 2021.
Em 2015, o governo nacional do vice-presidente Germán Vargas Lleras e o Ministério dos Transportes elaboraram e publicaram o Plano Diretor de Transportes Intermodais (PMTI) cujo objetivo é projetar o desenvolvimento do país através de uma infraestrutura que permita conectar todo o país, priorizando os projetos que terão maior impacto na economia nacional.[16] Este novo Plano, além de criar um guia para o futuro desenvolvimento rodoviário, inclui a modernização da rede ferroviária, a modernização dos aeroportos e a criação de uma nova. Rede Fluvial Nacional que se ligará à Rede Rodoviária Nacional para desenvolver a ligação total do país. Teria um custo anual de 10,4 bilhões de pesos (preços de 2015) e está projetado para o ano de 2035, estabelecendo prioridades para a primeira e segunda décadas.
Entre as obras a serem destacadas no futuro e estabelecidas no Plano Diretor de Transportes Intermodais 2015-2035 estão a Conexão Orinoquía Pacífico que permitirá a criação de uma ligação entre Buenaventura e Puerto Carreño através de uma estrada moderna que inclui uma nova passagem entre La Uribe e Colômbia, juntamente com a criação de um túnel ferroviário intermodal entre Florida "Florida (Valle del Cauca)") e Herrera "Herrera (Tolima)"). Outro plano é o Tronco Quibdó - Buenaventura - Equador[17] que permitirá a ligação do Pacífico colombiano através de uma nova rota terrestre projetada no PMTI ou através de um aquapista Pacífico com ligação fluvial. Esses projetos estão sujeitos à aprovação de futuros governos.
Após mais de 100 anos de planejamento e 11 de construção, o governo nacional inaugurou o Túnel Línea, o túnel mais longo da América Latina e a obra mais esperada e importante do país.[18][19][20][21] A obra sofreu muitos atrasos ao longo de um século de obras, e após vários escândalos de corrupção em torno de sua construção.