Década de los noventa y siglo XXI
En la década de los noventa, el Ministerio de Obras Públicas emitió la Resolución 0830 del 5 de febrero de 1992 y la Resolución modificatoria 09300 12 de agosto de 1992 para definir una nueva estructura y nomenclatura de las carreteras nacionales separando en Troncales y Transversales y asignando un valor numérico a cada Ruta Nacional como referencia que se empieza a aplicar en todo el país. En 1993 el ministerio de Obras Públicas desaparece y en su reemplazo se crea el Ministerio de Transporte. Para 1993 había 100.000 km de vía, de las cuales 13 000 se encontraban pavimentados.
Con la apertura económica del gobierno de César Gaviria (1990-1994) y con el fin del tren en Colombia, se observó la deficiente infraestructura vial del país. Muchas de las Rutas nacionales definidas en la Resolución 0830 del 5 de febrero de 1992 no habían sido construidas o eran carreteras de poca transitabilidad e importancia. Por lo que fue emitida la Resolución N.º 3700 de 1995 qué fijó una nueva nomenclatura para las carreteras nacionales. Se reorganizaron las principales rutas dándoles un código numérico, donde las rutas de número impar respondían a las rutas con dirección norte-sur (Troncales) y las pares a las rutas con dirección occidente-oriente (Transversales). Así mismo, las rutas se dividieron en tramos enumerados desde el 01 al 99 y se asignaron variantes, tramos y subtramos.
La Resolución N.º 3700 de 1995 pretendía un trazado ideal de la Red Vial Nacional, pero muchas de estas rutas y tramos no estaban creados en su momento: Tramos como Monopamba-Orito, Buga-Chaparral, Leticia-Mitú o Puerto Inírida-Puerto Carreño no se encontraban construidas y ni se tenían proyectos a mediano o largo plazo. Por lo que la Resolución N.º 0000339 del 26 de febrero de 1999 deroga la Resolución N.º 3700 de 1995 y establece una nueva red vial manteniendo el mismo sistema de códigos numéricos y el sistema de troncales y transversales, pero elimina algunas rutas, redefine nuevos trazados y adiciona otras con base en la red vial construida al momento y a los proyectos, pensando en un mediano y largo plazo. Otro aspecto importante fue la supresión de muchas Variantes, Ramales y Subramales que pasaron a ser rutas secundarias a cargo de los departamentos o rutas terciarias a cargo de los municipios.
Con el fin de solucionar el rezago de infraestructura vial se empiezan a aplicar el modelo de concesiones viales y para 1994 nace la primera generación de concesiones viales donde se firmaron 11 contratos para intervenir 1.649 km en vías y se construyen las primeras carreteras en doble calzada, siendo la vía Cali-Cartago Y Bogotá-Tunja las primeras en contar con doble calzada. En 1995 sale la segunda generación de concesiones viales con 470 km a intervenir y para 1998 la tercera generación con 14 contratos y 1.557 km de vías a intervenir, siendo la Ruta del Sol el proyecto más importante de esta tercera generación.
Para el siglo , el sistema de concesiones viales se consolida como alternativa para mejorar la infraestructura vial del país, no obstante se presentan bastante casos de corrupción, cohecho y desfalcos que hace que muchos de los proyectos hayan quedado inconclusos o terminados con bastantes sobrecostos. En el Decreto 1735 de 2001 se establece una nueva red nacional de carreteras. Sin embargo, este decreto no deroga la Resolución N.º 0000339 del 26 de febrero de 1999 y mantiene el mismo sistema de nomenclatura. En este decreto se clasificaron las carreteras sobre la base de los proyectos que se habían venido desarrollando en la primera, segunda y tercera generación de concesiones viales.
Para el año 2006 se crea el plan de Integración Vial de Corredores para la Competitividad, donde se mejoran 38 corredores viales siendo 16 considerados de prioridad para ser ejecutados en un lapso de 5 años que serán administrados por el Invías. Así mismo se establece el Programa de Infraestructura Vial para el Desarrollo Regional Plan 2500 que con una inversión de 1.8 Billones de pesos (Cifras del año 2004) se lograran pavimentar 3.160 kilómetros de la red primaria, secundaria y terciaria que para octubre del año 2012 se había ejecutado en un 79% de lo planeado.[12] Para el año 2009 Colombia ya contaba con 166.000 km de vías, de los cuales 25.000 km se encontraban pavimentados.
Durante el Gobierno de Álvaro Uribe. Se empieza a desarrollar el Plan Vial Regional que buscaba realizar un inventario de las vías secundarias y terciarias por departamento y de esta manera establecer los lineamientos y metodologías para su mejoramiento y la realización de nuevos proyectos teniendo en cuenta la necesidades en competitividad.[13] Los Planes eran responsabilidad de cada departamento y para el año 2014 la mayoría fueron aprobados por el Ministerio de Transporte[14] y continuando con Planes Viales municipales y la actualización con los planes intermodales.
Con el gobierno de Juan Manuel Santos (2010-2018) surge el programa de Corredores para la Prosperidad como complemento al plan de Integración Vial de Corredores para la Competitividad. Este programa consta de 16 proyectos donde se pavimentarán 508 km de vías y la construcción de túneles, viaductos, y doble calzadas. Para el año 2012 Colombia poseía 1.049 km en doble calzada y se espera que para el año 2018 el país cuente con 3200 km en doble calzada.[15].
En el año 2012 bajo la Ley 1508 se desarrollan las Asociaciones Público-Privadas o APP que permiten la cuarta generación de concesiones con la intervención de 8.170 km de vías. Ésta se separa en una primera ola con 10 proyectos a partir del año 2014, una segunda ola con 9 proyectos a partir del año 2015, una tercera ola con 1 proyecto a partir del 2016 y una cuarta ola con iniciativas privadas en 9 proyectos a partir del 2015 y 2016 cuyo plazo estimado de finalización para el año 2021.
En el año 2015, el gobierno nacional bajo el vicepresidente Germán Vargas Lleras y el ministerio de Transporte diseñó y publicó el Plan Maestro de Transporte Intermodal (PMTI) cuyo objetivo es proyectar el desarrollo del país por medio de una infraestructura que permita conectar a todo el país priorizando los proyectos que mayor impacto tendrán para la economía nacional.[16] Este nuevo Plan además de crear una guía para futuros desarrollos viales incluye la modernización de la red férrea, la modernización de aeropuertos y el establecimiento de una nueva Red Fluvial Nacional que se conectarán con la Red Vial nacional para desarrollar la conexión total del país. tendría un costo de 10.4 billones de pesos anuales (precios del 2015) y se tiene proyectada para el año 2035 estableciendo prioridades para la primera y segunda década.
Entre las obras a destacar a futuro y establecidas en el Plan Maestro de Transporte Intermodal 2015-2035 se encuentran la Conexión Pacífico Orinoquía que permitirá crear una conexión entre Buenaventura y Puerto Carreño por medio de una vía Moderna que incluye un nuevo paso entre La Uribe y Colombia, junto con la creación de un túnel ferroviario intermodal entre Florida "Florida (Valle del Cauca)") y Herrera "Herrera (Tolima)"). Otro de los planes es la Troncal Quibdó - Buenaventura - Ecuador[17] que permitirá la conexión del pacífico colombiano por una nueva vía terrestre proyectada en el PMTI o por medio de una acuapista del Pacífico de conexión fluvial. Dichos proyectos quedan sujetos a aprobación de los futuros gobiernos.
Luego de más de 100 años de planeación, y 11 de construcción, el gobierno nacional inauguró el Túnel de la Línea, el túnel más largo de Latinoamérica, y la obra más esperada e importante del país.[18][19][20][21] La obra sufrió muchísimos retrasos a lo largo de un siglo de obras, y luego de varios escándalos de corrupción en torno a su construcción.