Gestión de los sitios por las autoridades de los Estados miembros
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La Directiva de Hábitats, no impone ningún método a utilizar para la designación de los sitios o el tipo de gestión a utilizar, cada Estado miembro podrá utilizar los métodos que desee. La reglamentación varía así de un Estado a otro:.
La mayoría de los países tratan de usar medidas agro-medioambientales para las actividades agrícolas en el ámbito de los sitios de Natura 2000, completadas en algunos países por un contrato adicional.
La gestión puede ser centralizada, como en algunos países del norte de Europa, o descentralizada, como en Francia, o confiada a los organismos regionales para el medio ambiente, o a los municipios (en el caso de Suecia). Grecia, en lo que a ella compete, ha creado entidades privadas, pero controladas por el Estado para administrar sus sitios.[12].
Alemania
En Alemania, el establecimiento de Natura 2000 está organizado en torno a los Länder "Estado Federado (Alemania)"), que tienen sus propias leyes en esta materia. Una lista inicial de sitios es recopilada por los Länder, en los que se pone en marcha un primer debate. Esta lista se transmitirá a nivel federal, incluyendo la garantía de un asesoramiento científico, y se lleva a cabo un segundo debate entre los distintos departamentos ministeriales. Las observaciones de estos debates, vuelven a los Länder, que toman decisiones sobre el emplazamiento de los sitios. Una vez designados, el tipo de gestión depende todavía de los Estados federados, que pueden elegir el método reglamentario, contractual o mixto.[13].
La red de Natura 2000 en Alemania es muy rica, con más de 5.200 sitios, pero también está más fragmentada que la red francesa. Abarca aproximadamente el 14% de la superficie terrestre de Alemania, los sitios se desglosan así:.
En el medio ambiente marino están propuestas alrededor de 2 millones de hectáreas (más de 40% del territorio marítimo de Alemania), de las cuales 945.000 fuera de las 12 millas.
Aunque muy numerosos, los lugares Natura 2000 en Alemania son relativamente pequeños, fragmentados y sin zonas que sirvan de tampón o defensa.
Bélgica
En Flandes son 39 los sitios que han sido propuestos con 101.891 hectáreas de extensión y actualmente hay 25 más en curso con 98.243 hectáreas.[14].
En Valonia el «decreto Natura 2000» para el establecimiento de Natura 2000 data del 28 de noviembre de 2001 (publicado en enero de 2002,[15] pero no ha sido hasta 7 años más tarde (octubre de 2008) cuando el gobierno aprobó el proyecto de designación de los ocho «lugares Natura 2000» (3700 hectáreas sobre 220.945 hectáreas propuestas inicialmente,[16] en cerca de 26 municipios).
Francia
Cada lugar Natura 2000 es gestionado por un administrador designado al crear el sitio. Solo puede tratarse de una colectividad territorial o de una agrupación de autoridades locales relacionadas con el sitio. Si no hay ninguna comunidad que se haga cargo, será el prefecto quien se encargue de hacerlo. Un comité directivo («Copil»), equivalente a la comisión consultiva de una reserva natural, es responsable de garantizar la correcta aplicación y buen funcionamiento de la gestión del sitio. Se compone de todas las partes interesadas: las asociaciones, los agricultores, las comunidades, los gobiernos, los cazadores, pescadores, etc.
El gerente, llamado operador técnico, es la persona encargada de la animación de la comisión directiva, y de la redacción de un documento muy importante para el sitio: el documento de objetivos (comúnmente llamado DOCOB). Este documento expone el estado de la riqueza natural y socioeconómica antes de establecer los objetivos de gestión de la reserva para la conservación del patrimonio natural, la información y la sensibilización del público, el trabajo realizado en colaboración con los actores locales, (en definitiva, es una lista de los objetivos de la gestión y el calendario y los medios utilizados para lograr los objetivos a alcanzar). El operador cuenta para la redacción de la consulta del DOCOB con la asistencia técnica de los libros hábitats, obra de síntesis de libros de conocimientos científicos sobre los hábitats y de las especies designadas por la Directiva de Hábitats, Fauna, Flora, y los métodos de gestión de la conservación y el estado de conservación de estos hábitats y especies. El DOCOB también incluye la lista de los «contratos tipo» Natura 2000, contratos que se pueden aplicar en el sitio. El documento se pone a disposición del público en todos los municipios del territorio.
Para los proyectos de envergadura que no estaban incluidos inicialmente en el DOCOB, está previsto por la Directiva de Hábitats un procedimiento para evaluar el impacto en el sitio (ya sea una ZPE o una ZEC). Si el proyecto puede tener un impacto lo suficientemente grande, se cancela, a menos que se haga una excepción por razones imperativas de interés público (salud y seguridad pública, beneficio económico y social vital, o beneficio medioambiental indirecto).
Hay dos tipos de «contratos Natura 2000», uno para las tierras agrícolas y otro para las tierras no agrícolas. Para las tierras agrícolas son los MAETER, (Medidas Agroambientales Territorializadas). Estos contratos son el equivalente de los contratos de la agricultura sostenible, pero para los espacios Natura 2000. La remuneración del contratista, que presta el Estado y la Unión Europea, es proporcionada por el (Centro Nacional para el desarrollo de las estructuras agrícolas: CNASEA). Para los otros propietarios el Contrato Natura 2000 pasa directamente al Estado, y es financiado por el Ministerio de Medio Ambiente (FGMN).
Otros Estados miembros
La entrada en la Unión Europea de los nuevos Estados miembros (los diez nuevos estados en 2004, más Bulgaria y Rumania en 2007), ha causado la necesaria actualización de los hábitats naturales y especies animales y vegetales que podrían beneficiarse de la inclusión en Natura 2000. De hecho, los nuevos miembros de Europa oriental todavía contienen especies y hábitats naturales que en Europa occidental, se ven reducidos a pequeñas zonas o han desaparecido.
Esta actualización consiste principalmente en actualizar los anexos de las directivas. En la Directiva de Hábitats, los nuevos hábitats figuran en el anexo I (hábitats considerados de "interés", como los bosques calcícolas de pinos silvestres de los Cárpatos occidentales, los bosques de Cedrus brevifolia , etc.[21] Nuevas especies animales y vegetales han sido incluidas en la directiva y su situación ha cambiado, como el bisonte europeo, la tortuga verde Chelonia mydas, el murciélago Rousettus aegyptiacus, la Proteus anguinus, varias especies de escarabajos y mariposas como los licénidos), pero también muchas especies de plantas.[21].
Nuevas especies de aves también se han incluido en los anexos de la Directiva de Aves, o sus estatus han cambiado, como el halcón sacre (Falco cherrug), el chorlitejo patinegro (Charadrius alexandrinus), la gaviota pintada (Larus minutus), etc.
En lo que respecta a los grandes carnívoros, por ejemplo, han sido solicitadas exenciones por los nuevos Estados miembros, debido a la gran población que hay en algunos países. En Rumanía por ejemplo, en 2005 se han contabilizado casi 6.900 osos pardos en su territorio, en las montañas de los Cárpatos. En Lituania, los lobos siguen siendo cazados como trofeo. El país ha obtenido de este modo una derogación geográfica de los anexos II y IV de la Directiva sobre hábitats, lo que le permite no señalar nuevas zonas especiales para la conservación del lobo, (al menos, mientras el estado de conservación de las poblaciones lituanas siga siendo buena).