Gestão dos sítios pelas autoridades dos Estados-Membros
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La Directiva de Hábitats, no impone ningún método a utilizar para la designación de los sitios o el tipo de gestión a utilizar, cada Estado miembro podrá utilizar los métodos que desee. La reglamentación varía así de un Estado a otro:.
La mayoría de los países tratan de usar medidas agro-medioambientales para las actividades agrícolas en el ámbito de los sitios de Natura 2000, completadas en algunos países por un contrato adicional.
La gestión puede ser centralizada, como en algunos países del norte de Europa, o descentralizada, como en Francia, o confiada a los organismos regionales para el medio ambiente, o a los municipios (en el caso de Suecia). Grecia, en lo que a ella compete, ha creado entidades privadas, pero controladas por el Estado para administrar sus sitios.[12].
Alemanha
Na Alemanha, o estabelecimento da Natura 2000 está organizado em torno dos Länder "Estado Federal (Alemanha)"), que têm as suas próprias leis sobre esta matéria. Uma lista inicial de sítios é compilada pelos Länder, onde é lançado um primeiro debate. Essa lista será transmitida ao nível federal, incluindo a garantia do parecer científico, e terá lugar um segundo debate entre os vários departamentos ministeriais. As observações destes debates voltam aos Länder, que tomam decisões sobre a localização dos locais. Uma vez designado, o tipo de gestão ainda depende dos estados federados, que podem optar pela modalidade regulatória, contratual ou mista.[13].
A rede Natura 2000 na Alemanha é muito rica, com mais de 5.200 sítios, mas também é mais fragmentada do que a rede francesa. Cobrindo aproximadamente 14% da área terrestre da Alemanha, os locais são divididos da seguinte forma:.
No ambiente marinho, são propostos cerca de 2 milhões de hectares (mais de 40% do território marítimo da Alemanha), dos quais 945.000 fora das 12 milhas.
Embora muito numerosos, os sítios Natura 2000 na Alemanha são relativamente pequenos, fragmentados e sem áreas que sirvam de proteção ou defesa.
Bélgica
Na Flandres foram propostos 39 locais com uma área de 101.891 hectares e existem atualmente mais 25 em curso com 98.243 hectares.[14].
Na Valónia, o "decreto Natura 2000" para o estabelecimento da Natura 2000 data de 28 de Novembro de 2001 (publicado em Janeiro de 2002,[15] mas só 7 anos depois (Outubro de 2008) é que o governo aprovou o projecto para designar os oito "sítios Natura 2000" (3.700 hectares em 220.945 hectares inicialmente proposto,[16] em cerca de 26 municípios).
França
Cada sítio Natura 2000 é gerido por um gestor nomeado aquando da criação do sítio. Só pode ser uma comunidade territorial ou um grupo de autoridades locais relacionadas com o sítio. Se não houver comunidade para assumir o comando, o prefeito será responsável por fazê-lo. Uma comissão diretiva (“Copil”), equivalente à comissão consultiva de uma reserva natural, é responsável por garantir a correta aplicação e o bom funcionamento da gestão do sítio. É composto por todos os interessados: associações, agricultores, comunidades, governos, caçadores, pescadores, etc.
O gestor, denominado operador técnico, é o responsável por animar a diretoria e redigir um documento muito importante para o site: o documento de objetivos (comumente chamado de DOCOB). Este documento expõe o estado da riqueza natural e socioeconómica antes de estabelecer os objectivos de gestão da reserva para a conservação do património natural, informação e sensibilização pública, o trabalho realizado em colaboração com os actores locais, (em suma, é uma lista dos objectivos de gestão e o calendário e os meios utilizados para atingir os objectivos a alcançar). Para a elaboração da consulta DOCOB, o operador conta com o apoio técnico dos livros de habitats, uma síntese de livros de conhecimento científico sobre os habitats e espécies designados pela Diretiva Habitats, Fauna, Flora, e os métodos de gestão da conservação e o estado de conservação desses habitats e espécies. O DOCOB inclui também a lista de “contratos-tipo” da Natura 2000, contratos que podem ser aplicados no site. O documento é disponibilizado ao público em todos os municípios do território.
Para grandes projetos que não foram inicialmente incluídos no DOCOB, a Diretiva Habitats prevê um procedimento para avaliar o impacto no sítio (seja uma ZPE ou uma ZEA). Se o projeto puder ter um impacto suficientemente grande, será cancelado, a menos que seja aberta uma exceção por razões imperativas de interesse público (saúde e segurança públicas, benefícios económicos e sociais vitais ou benefícios ambientais indiretos).
Existem dois tipos de «contratos Natura 2000», um para terras agrícolas e outro para terras não agrícolas. Para terras agrícolas são as MAETER, (Medidas Agroambientais Territorializadas). Estes contratos equivalem a contratos de agricultura sustentável, mas para sítios Natura 2000. A remuneração do contratante, assegurada pelo Estado e pela União Europeia, é assegurada pelo (Centro Nacional de Desenvolvimento de Estruturas Agrícolas: CNASEA). Para os demais proprietários, o Contrato Natura 2000 passa diretamente para o Estado, e é financiado pelo Ministério do Meio Ambiente (FGMN).
O contrato define a natureza e a forma do auxílio estatal e os serviços que devem ser prestados em troca pelo beneficiário. Um contrato Natura 2000 indica a lista de “boas práticas agrícolas e ambientais” que o contratante se compromete a aplicar, e a descrição dos compromissos que, para além destas boas práticas, darão origem a uma contrapartida financeira.
Outros Estados-Membros
A entrada na União Europeia dos novos Estados-Membros (os dez novos Estados em 2004, mais a Bulgária e a Roménia em 2007), provocou a necessária atualização dos habitats naturais e das espécies animais e vegetais que poderiam beneficiar da inclusão na Natura 2000. Na verdade, os novos membros da Europa de Leste ainda contêm espécies e habitats naturais que, na Europa Ocidental, estão reduzidos a pequenas áreas ou desapareceram.
Esta atualização consiste principalmente na atualização dos anexos das diretivas. Na Directiva Habitats, os novos habitats são enumerados no Anexo I (habitats considerados de "interesse", como as florestas calcárias de pinheiros silvestres dos Cárpatos Ocidentais, as florestas de Cedrus brevifolia, etc.[21] Novas espécies animais e vegetais foram incluídas na directiva e a sua situação mudou, como o bisão europeu, a tartaruga verde Chelonia mydas, o morcego Rousettus aegyptiacus, Proteus anguinus, várias espécies de besouros e borboletas, como licenídeos), mas também muitas espécies de plantas.[21].
Novas espécies de aves também foram incluídas nos anexos da Diretiva Aves, ou os seus estatutos foram alterados, como o falcão-saker (Falco cherrug), a tarambola-branca (Charadrius alexandrinus), a gaivota-pintada (Larus minutus), etc.
No que diz respeito aos grandes carnívoros, por exemplo, foram solicitadas isenções pelos novos Estados-Membros, devido à grande população de alguns países. Na Roménia, por exemplo, em 2005 foram registados quase 6.900 ursos pardos no seu território, nas montanhas dos Cárpatos. Na Lituânia, os lobos ainda são caçados como troféus. O país obteve assim uma derrogação geográfica dos anexos II e IV da Diretiva Habitats, que lhe permite não designar novas áreas especiais para a conservação do lobo (pelo menos enquanto o estado de conservação das populações lituanas permanecer bom).