Desde a sua implementação em 1994, o NAFTA tem estado no centro da controvérsia. Os seus críticos salientam que afectou sectores-chave da indústria nacional mexicana, como a agricultura, porque gerou um aumento na entrada de produtos agrícolas norte-americanos no mercado nacional que competiam com os produtos nacionais. Bem como a perda massiva de empregos gerados no setor maquiladora nos EUA, porque muitas empresas agora preferem instalar suas montadoras atraídas pela mão de obra barata e pela proximidade geográfica. E essas fábricas obtêm enormes lucros com essas vantagens.[14][15].
O Tratado, pela sua magnitude, gerou benefícios para os países, mas também prejuízos económicos em alguns setores. De acordo com diferentes análises, o nível de pobreza extrema no México aumentou rapidamente desde a implementação do acordo em 1994, passando de 16% para 28% apenas nos primeiros cinco anos. Cinco milhões de agricultores abandonaram as suas terras, aumentando o desemprego urbano no México e aumentando a migração de agricultores para os EUA, gerando pressão política sobre o governo dos EUA e muitas críticas ao governo mexicano.[16].
O aumento dos fluxos migratórios responde a diversas causas, uma delas é que o México tem tido problemas para manter o crescimento económico e este, por sua vez, não tem permitido o surgimento de condições para a geração de empregos formais; o que resulta num aumento do número de pessoas envolvidas em empregos informais. Assim, a diferença de salários no México em relação aos dos EUA torna-se maior e o interesse dos mexicanos em ir trabalhar no país vizinho torna-se mais frequente.[17].
Outro aspecto da questão da imigração é que:
Com a assinatura do NAFTA, o México aumentou consideravelmente as suas exportações, principalmente para os Estados Unidos. Houve um aumento de 31,1 para 94,6 milhões de dólares apenas no período de 1991 a 1998, tornando-se o segundo parceiro comercial da União Americana. De acordo com o Banco Mundial, as exportações do México entre 1994 e 2003 teriam sido 25% mais baixas sem o tratado.[19] No entanto, isso fez com que a dependência comercial de um único destino aumentasse.[20].
O tratado não alcançou um crescimento dinâmico da economia mexicana, mas tornou o México mais dependente da economia norte-americana. Antes e depois dos processos de assinatura do NAFTA, os fluxos de IDE [Investimento Estrangeiro Direto] para o México vinham e vêm principalmente dos Estados Unidos, 61,5% do total do IDE no período 1980-1993, e 51,6% do total do período 1994-2012 (...), embora a origem do investimento tenha sido diversificada, o país continua dependente do que acontece com a economia norte-americana.[21].
Outro problema que surge com o Investimento Estrangeiro Direto é que ele amplia a desigualdade entre os entes federais. Os investimentos mais importantes são feitos onde há maior infraestrutura produtiva, pois as empresas necessitam de vias de comunicação eficientes, para que haja rápida mobilidade e para que suas mercadorias circulem. Exemplo: Cidade do México, Nuevo León, Estado do México e Chihuahua. Por outro lado, as entidades que receberam menos IDE são: Chiapas, Tlaxcala, Zacatecas, Oaxaca, etc., que são aquelas com infraestruturas menos desenvolvidas.[22].
No México, o setor do aparelho produtivo beneficiado foi muito limitado e corresponde àquele que está ligado à “inovação e modernização tecnológica, enquanto a outra parte, que é a grande maioria das unidades económicas, tem baixa produtividade e capacidade de absorver a mudança tecnológica”.
Antes do Tratado, o México apoiava as exportações no sector petrolífero. Posteriormente, com a liberalização económica, as exportações deixaram de ser expressamente de petróleo, mas também de produtos manufaturados como: peças automotivas, computadores, equipamentos elétricos, entre outros. Contudo, o problema era que o desenvolvimento não abrangia todas as atividades produtivas no México. Sim, houve setores com maior presença nos mercados internacionais, mas outros recuaram.[24].
Supunha-se que, com a abertura ao investimento directo estrangeiro e a expansão das exportações, seria gerado no México um tal dinamismo económico que tornaria possível reduzir a diferença entre o PIB per capita mexicano e americano. No entanto, ocorreu o contrário.[25].
Em relação à área jurídica:
(…) A cláusula ou princípio que se torna norma de tratamento nacional do NAFTA, juntamente com as disposições ordinárias estabelecidas no México, rompeu e continua rompendo com a ordem constitucional, pois é a Constituição que se adapta ao Tratado, e não o é à Constituição, como propagavam as vozes oficiais da época 1992-1994 (…)[26].
O presidente dos Estados Unidos da América pelo Partido Republicano "Partido Republicano (Estados Unidos)"), Donald Trump, anunciou durante a campanha eleitoral que procuraria renegociar o acordo de comércio livre com o governo do México e que, caso não chegasse a um acordo satisfatório aos interesses do país, o seu governo poderia retirar-se do NAFTA.
O México também alertou que poderá abandonar o NAFTA se não conseguir obter maiores benefícios na renegociação, em resposta ao presidente Donald Trump, que em breve começaria a renegociar o NAFTA com o Canadá e o México. O presidente Enrique Peña Nieto anunciou um plano de diversificação comercial com outros países, que inclui a negociação de pactos bilaterais com outros países do mundo.
Em setembro de 2018, foi anunciado que os Estados Unidos, o México e o Canadá haviam chegado a um acordo para substituir o NAFTA pelo Acordo Estados Unidos-México-Canadá (USMCA ou USMCA).