Idade Média e Moderna
No século, os muçulmanos fundaram uma pequena cidade nas suas proximidades chamada Al-Qantarat (القنطرة), "A Ponte", sem necessidade de mais apelidos.[1] A ponte deve ter sobrevivido intacta até ao século, quando, com a Reconquista dos reinos cristãos a sul, sofreu a primeira de várias destruições. Quando o rei Alfonso IX de Leão tomou definitivamente Alcántara em 1213, a ponte foi aparentemente quebrada, não se sabe se por ação cristã ou muçulmana. Mais tarde, nas sucessivas lutas entre Castela e Portugal, Alcántara foi um importante ponto de atrito. Está documentado, como facto que a consideração da ponte significa, que quando a vila foi cercada no tempo dos Reis Católicos, em 1475, o rei Afonso V de Portugal levantou a cerca sabendo que Alcántara ia cortar a ponte e mandou avisar ao seu inimigo, Alonso de Aragão, que faria um desvio porque “não queria que o reino de Castela ficasse menos com aquele edifício”.
Em 1480 foi instalada em Alcántara a Ordem de Alcántara e sob o comando de Juan de Zúñiga y Pimentel foi realizada a reforma da ponte com o propósito de exaltar a romanidade de Espanha e a monarquia dos Reis Católicos, que então unia dinasticamente apenas os reinos de Castela e Aragão. Nesta reforma estima-se que tenha sido construído o arco central, elemento atípico nas pontes romanas e portanto não original e colocadas as placas comemorativas; um deles, aquele que se refere ao imperador Trajano, possivelmente trazido da cidade vizinha de Alcántara.[5].
A seguinte reconstrução foi realizada sob o governo do rei Carlos V e estas obras estão bem documentadas. Foram reparados os danos na fábrica do primeiro arco ocidental, o arco central foi coroado com ameias e a ponte foi limpa de construções militares, vestígios da sua importância estratégica nas guerras medievais. As obras foram executadas pelo mestre Martín López entre 1532 e 1543, sob a supervisão dos arquitetos Pedro de Ibarra e Esteban de Lezcano. Para deixar memória do restauro, foi esculpido o escudo imperial que coroa o arco triunfal da fachada sul e três inscrições nas ombreiras onde se lê: "Carlos V Imperador, César Augusto e Rei de Espanha, ordenou a reparação desta ponte que, deteriorada pelas guerras e pela sua antiguidade, ameaçava a ruína, no ano do Senhor de 1543, no 24º do seu império e no 26º do seu reinado." Ainda no século, foi realizada uma segunda intervenção, atribuída a Diego de Castañeda e concluída por Pedro de Villegas e Sebastián de Aguirre em 1577.[12].
Em 1707, durante a Guerra de Sucessão, Alcántara foi um ponto fronteiriço afectado nas lutas entre Espanha e Portugal. Quando os portugueses se retiraram da vila, tentaram explodir o segundo arco da margem direita sem sucesso e a explosão atingiu as paredes do arco, que caiu parcialmente, e os parapeitos, bem como o núcleo da fábrica, que começou a apresentar fissuras no arco honorífico. A restauração foi ordenada por Carlos III em 1778.
Idade Contemporânea
Durante a Guerra da Independência, para impedir a passagem das tropas napoleónicas por Alcántara, os aliados destruíram o segundo arco da margem direita em 1809. A ausência deste arco só foi remediada em 1818 com a instalação de uma estrutura de madeira para passagem de carruagens, mas em 1836, durante a primeira Guerra Carlista (1833-1840), foi incendiado pelas tropas elisabetanas para impedir a passagem dos carlistas liderados por Miguel Gómez. Damas que invadiram a província.[10].
Entre 1858 e 1860, durante o reinado de Isabel II, o arquitecto Alejandro Millán Sociats, reconstruiu o arco demolido durante a Guerra da Independência. A proposta partiu da Real Academia de História, que confiou as obras ao Corpo de Engenheiros Civis, então dirigido por Alejandro Millán. O arco que havia sido explodido foi reconstruído, toda a fábrica foi consolidada cobrindo as juntas dos silhares, o arco honorário, que havia sido desmontado quando se temia o desabamento do cais central, foi colocado no seu lugar, a estrada foi pavimentada e a ponte foi complementada com os trilhos que hoje existem nas suas extremidades. A reconstrução consiste no arco comemorativo inserido numa lápide situada no batente direito e no topo desta fachada foi também colocado um escudo real. A referida lápide de Isabel II e outra nova que foi feita em cima da original, que dava testemunho dos municípios romanos que margeavam a ponte, deslocaram uma das comemorações de Carlos I e a única original que ali permaneceu, que foram realocadas no interior do arco. opus iterum bello interruptum, temporis vetustate penis prolapsum restituit aditum utrimque amplificavit, viam latam ad vaccaeos fieri iussit anno domine MDCCCLIX*».
Durante as obras de reconstrução, em junho de 1858, um jovem de cerca de dezanove anos chamado Basilio Borbón, natural das Astúrias, afogou-se ao cair no rio Tejo.
Foi declarado Monumento Nacional em 13 de agosto de 1924,[13]
portanto é um Bem de Interesse Cultural "Bem de interesse cultural (Espanha)") com a categoria de Monumento "Monumento (patrimônio histórico de Espanha)"),[14]
e o 90º aniversário desta nomeação foi comemorado com uma corrente humana.[15] Em setembro de 1969, para a construção da albufeira de Alcántara, cuja barragem se encontra 600 metros a montante, o caudal do rio foi desviado através de alguns túneis e o canal ficou completamente seco durante vários quilómetros. Observou-se então que um dos pilares da ponte estava se soltando e foi reparado.
A ponte foi eleita "Melhor Esquina de Espanha" em 2014 num concurso de voto popular organizado pelo Guia Repsol.[16] Em 2019, a Assembleia da Extremadura pediu a promoção da sua declaração como Património Mundial, a realização de obras de restauro e a construção de uma nova ponte para eliminar o trânsito de cerca de 237.000 veículos que atravessavam anualmente as obras de engenharia romana.[17] A nova ponte de Alcántara foi inaugurada em 20 de outubro de 2014. 2025, e a sua entrada em funcionamento libertou finalmente a ponte romana do tráfego rodoviário que sustentava.[18].