O edifício atual
A Cidade Universitária surgiu entre as ideias urbanísticas para Buenos Aires apresentadas por Le Corbusier durante sua visita (1929), posteriormente contempladas no Plano Regulador da Cidade de Buenos Aires (1958).
O projecto arquitectónico foi elaborado por volta de 1960 pelos arquitectos Eduardo Catalano, Horacio Caminos), Eduardo Sacriste e Carlos Picarel, equipa nomeada com base num concurso internacional. Conceberam um conjunto de quatro grandes edifícios, que seriam progressivamente entregues às faculdades mais afectadas naquele momento em termos de espaço.
A primeira faculdade a receber ali o seu edifício foi a Faculdade de Ciências Exatas e Naturais (Pavilhões 1 e 2), que em 1966 cedeu o segundo andar do Pavilhão 2 à Arquitetura após o incêndio nos armazéns de Figueroa Alcorta. Devido à precariedade desta situação, em 1971 a Faculdade de Arquitetura e Urbanismo recebeu - inacabado - o Pavilhão 3, originalmente reservado à Faculdade de Filosofia e Letras "Facultad de Filosofia y Letras (UBA)") por ordem de prioridade. Os outros dois edifícios planejados nunca foram concluídos, embora nunca tenha havido qualquer anúncio nesse sentido. Mudou-se progressivamente do seu edifício original na Manzana de las Luces, até ser totalmente instalado no Pavilhão 3 em 1973.
Quando em 1976 um golpe de estado interrompeu o governo democrático e impôs uma ditadura militar, a UBA interveio e o novo Reitor da FAU nomeado foi Héctor Corbacho"), que também lecionava desenho técnico na Escola de Mecânica da Marinha, onde funcionava um dos principais centros clandestinos de detenção e desaparecimento de opositores políticos naqueles anos entre 1976 e 1983. Em 2005, estimou-se que em Durante o período da Durante a ditadura, as Forças Armadas e a Polícia detiveram e fizeram desaparecer 110 pessoas da comunidade da Faculdade, entre professores, estudantes e não docentes.[6].
Entretanto, a actual e última sede da FADU foi lentamente concluída ao longo dos anos. Em 1985, novamente em democracia, o reitor da UBA Francisco Delich criou o Ciclo Básico Comum, que permitia o ingresso em massa na Universidade; e o Pavilhão 3 foi transformado em uma de suas sedes principais. Ao mesmo tempo, foram estabelecidas novas carreiras, como Design Industrial, Design Gráfico, Design de Vestuário, etc. enquanto Berardo Dujovne era o Reitor de Normalização. Em 1986, foi nomeado reitor Juan Manuel Borthagaray), que continuaria neste cargo por um segundo período, até 1994.
Em 1986, a Secretaria de Habitat Universitário da FADU elaborou um Plano de Urbanização no qual participaram Mederico Faivre"), Carlos Maffeis, María Cecilia Ceim, Mario Sacco e outros arquitetos, mas pouco ou nada foi feito: em 1988 foi construída a nova entrada da FADU com escada e instalações comerciais.[7].
A isto somou-se uma ampla remodelação do edifício, realizada entre 1986 e 1988 e que significou a sua conclusão: foram deslocalizadas diferentes divisões, os pisos 3 e 4 foram utilizados para novas carreiras e foi concluída a mezanina (cujas obras estavam abandonadas e inacabadas desde a década anterior).
Em 1992 ocorreu outra modificação que afetou o aspecto exterior do Pavilhão 3, quando foram retiradas as sombrinhas de cimento da fachada, devido à corrosão que apresentavam devido à falta de manutenção adequada e à má qualidade da sua pré-fabricação. Durante o período 1996-2006, Bernardo Dujovne regressou ao cargo de Reitor da FADU, posteriormente sucedido por Jaime Sorín).
Em 2005, começou a ser construída uma ponte para chegar a um futuro parque costeiro; a estrutura de ferro ficou abandonada até hoje sem ser concluída devido a questões legais que envolvem a transformação do parque projetado em Reserva Ecológica. Entre 2007 e 2011, o refeitório do estabelecimento foi desmontado para transformar o seu espaço físico em três novas salas de aula, até que a comunidade educativa conseguiu recuperar a sua função original.
Desde 2009, o edifício tem vindo a ser alvo de obras de restauro por parte do Estado Nacional, trocando os vidros das clarabóias do pátio central, reconstruindo as escadas (e outras pequenas obras de manutenção), e construindo uma rampa de acesso à cave para deficientes, uma vez que a FADU não dispunha de uma. Dentro desta melhoria também foi adicionada uma rampa à passarela de pedestres que liga a estação Scalabrini Ortiz da ferrovia Belgrano Norte ao acesso à Cidade Universitária.
Em 2017, foi realizada a inauguração do novo auditório da faculdade, Aula Magna “Prof. Arq. Juan Manuel Borthagaray”, no espaço abaixo do pátio central, no subsolo. As salas da biblioteca da faculdade, anteriormente situadas no terceiro piso, foram também transferidas para a nova Biblioteca “Prof. Arq. Manuel Ignacio Net”, no piso térreo.