A partir del 1 de abril de 2019 y hasta el 31 de marzo de 2025, el Doctor Ricardo Villanueva Lomelí se desempeñó como Rector General de la Universidad de Guadalajara, elegido por su Consejo General Universitario para el periodo 2019 - 2025.[25].
Durante su gestión al frente de la UdeG, creció su matrícula en 51,748 espacios. En lo que corresponde al Nivel Medio Superior, la Universidad de Guadalajara desde hace 3 años logró convertirse en la única en el país en aceptar al 100% de los aspirantes a un lugar para estudiar.[26][27].
En un acto sin precedentes, reconoció el grave problema de acoso que se presentaba al interior de la institución y de manera pública ofrece disculpas a todas las mujeres; alumnas, profesoras y directivas que de manera sistemática vivieron acoso y hostigamiento en la Universidad y no fueron escuchadas en su momento, ni atendidas en sus justos reclamos y denuncias.[28] Es a partir de tal disculpa que impulsa decididamente políticas contundentes de cero tolerancia a cualquier tipo de violencia y en especial a la de género.[29] Día a día se ocupa de que cada espacio sea libre de violencia para los miles de mujeres que transitan por sus aulas.
Además, en lo referente a la equidad de género modificó la emisión de los títulos universitarios, ahora son con perspectiva de género.[30] También dictaminó un tabulador salarial con perspectiva de género y hoy los puestos laborales se nombran con diferenciación genérica. Creó una Red de Primeros Contactos[31] en todos los planteles que tienen la función de ser agentes de atención primaria para cualquier situación de acoso u hostigamiento que puedan sufrir los y las universitarias. Se aprobó todo un marco normativo alineando el reglamento de responsabilidades a un código de ética y conducta y se diseñó el Protocolo de Acoso y Hostigamiento de la Universidad de Guadalajara.[32] En materia de prevención de estas conductas, se incorporó la unidad de aprendizaje “Sexualidad y género”, que actualmente cursan 67,692 jóvenes por año.
Fue el primer Rector General en marchar en las calles junto a la comunidad de la diversidad sexual como un vehemente defensor de las libertades.
En lo referente al crecimiento de la inversión en infraestructura y equipamiento educativo, implementó un programa para la mejora de aulas, laboratorios, espacios de convivencia y equipamiento en toda la red universitaria. Durante su gestión se equiparon y dignificaron el 100% de las 4,300 aulas que tiene la Universidad. Además, realizó consultas para conocer las necesidades de las y los estudiantes y, a partir de ello, aplicar una inversión priorizada tomando en cuenta las preferencias de la comunidad estudiantil.[33].
Durante la pandemia por SARS-COV2 encabezó la Mesa de Situación en Salud[34] y puso los espacios y las capacidades universitarias al servicio de los jaliscienses, convirtiendo la red universitaria en una red de laboratorios de detección Covid-19 y posteriormente en una red de centros de vacunación, junto con el Gobierno del Estado implementó un plan de acción y contención para hacer frente a la pandemia. Con este plan, la Universidad realizó 350,000 pruebas PCR para cortar las cadenas de contagio y se aplicaron más de 2 millones de vacunas. Jalisco fue reconocido como el estado que mejor enfrentó la pandemia en México.[35].
Impulsó una transformación en la red universitaria para convertir todos los campus en multitemáticos[36] y, de esta manera, poder acercar ofertas educativas específicas a jóvenes en toda el área metropolitana y promover la colaboración transdisciplinaria en la Universidad.
Como universitario reconoce el valor de la autonomía de las Instituciones de Educación Superior y ha sido un férreo defensor de la misma, marchando en la calle e impulsando iniciativas como la reforma de la Ley General de Educación Superior del año 2021 que en su artículo segundo amplió el concepto de autonomía universitaria y el 8 de diciembre del 2023 como Rector General acompañó al Gobernador del estado de Jalisco a presentar una iniciativa para que el Congreso local otorgue un presupuesto constitucional que establezca que la Universidad reciba anualmente 5 por ciento del presupuesto total de Jalisco y evitar que la institución esté sujeta a presupuestos cambiantes.[37][38] Tal iniciativa le dotó a la Universidad autonomía financiera, lo que le permitirá ampliar la cobertura significativamente y asegurarle un espacio educativo a los jóvenes de las próximas generaciones.[39].
Es presidente del Centro Cultural Universitario "Centro Cultural Universitario (Universidad de Guadalajara)") de la Universidad de Guadalajara, reconocido como uno de los desarrollos culturales más importantes de México y el mayor referente de extensión cultural de las universidades en el país.