Durante o período, o Japão estudou progressivamente as técnicas e avanços científicos ocidentais (chamados rangaku) através das informações e livros recebidos dos comerciantes holandeses em Dejima. As áreas de estudo adicional incluíram geografia, medicina, ciências naturais, astronomia, arte, línguas, conceitos de física, como o estudo de fenômenos elétricos, e mecânica. Houve também um grande desenvolvimento da matemática, numa tendência totalmente independente da do mundo ocidental. Esta forte corrente foi chamada de wasan.
O florescimento do Neoconfucionismo foi o maior desenvolvimento intelectual do período. O estudo do confucionismo era ativo há muito tempo pelos clérigos budistas, mas durante esse período esse sistema de crenças atraiu grande atenção para a concepção do homem e da sociedade. O humanismo ético, o racionalismo e a perspectiva histórica do Neoconfucionismo foram tomados como modelo social. Em meados do século, o Neo-Confucionismo tornou-se a filosofia jurídica dominante e contribuiu diretamente para o desenvolvimento do sistema nacional de aprendizagem, kokugaku.[33] Sua principal virtude para o regime shogunal foi a ênfase nas relações de hierarquia, submissão aos superiores e obediência, que se estendeu a toda a sociedade e facilitou a preservação do sistema feudal.[34].
A crescente aplicação do Neoconfucionismo bem como os estudos avançados contribuíram para a transição da ordem política e económica das classes sociais. Novas leis foram desenvolvidas, novos sistemas administrativos foram instituídos. Uma nova visão do governo e da sociedade emergiu em busca de um mandato mais abrangente. Cada pessoa ocupava um lugar diferente na sociedade e esperava-se que trabalhasse de uma forma que cumprisse sua missão na vida. Os cidadãos deveriam ser governados com benevolência por aqueles designados para governar. O governo era todo-poderoso, mas ao mesmo tempo responsável e humano. Embora o Neo-Confucionismo tenha influenciado o sistema de classes sociais, não foi aplicado da mesma forma como era habitual noutros países como a China, onde soldados e clérigos ocupavam o escalão inferior das classes sociais, enquanto no Japão alguns destes membros constituíam a elite governamental.
A vida espiritual foi experimentada com a cultura tradicional, baseada nos princípios budistas e nos princípios confucionistas. Duas formas diferentes de conceber a vida: o budismo deu grande importância ao outro mundo e o confucionismo deu maior força ao humanismo e à prática.
Os membros da classe samurai acrescentaram as tradições do bushido à sua ideologia e renovaram o seu interesse pela história japonesa, resultando no bushido. Um novo estilo de vida chamado chōnindō surgiu em cidades como Osaka, Kyoto e Edo, que aspiravam alcançar as qualidades do busido como diligência, honestidade, honra, lealdade e frugalidade. O estudo de matemática, astronomia, cartografia, engenharia e medicina também foi incentivado. A busca por novas formas de entretenimento da nova cultura ficou conhecida como ukiyo e incluía gueixas, música, histórias folclóricas, teatro kabuki, bunraku, poesia e arte, o que se reflete no estilo conhecido como ukiyo-e. A literatura também contou com grandes talentos como Chikamatsu Monzaemon ou Matsuo Bashō.
As transformações legislativas e administrativas influenciaram as revoluções intelectuais e culturais. Durante a Ordem Tokugawa, a educação foi desenvolvida em todas as áreas. Vários centros educacionais foram criados para atender às necessidades das diferentes classes sociais. Em cada domínio feudal, foram estabelecidas escolas para ensinar os filhos das famílias de samurais; Ensinavam disciplinas de cunho cultural e moral e técnicas marciais.
Os agricultores exigiam suas necessidades de educação e instrução. A partir do século XIX, começaram a surgir as terakoyas (escolas templárias), nas quais a leitura, a escrita e a aritmética eram ensinadas a crianças pertencentes à classe média, especialmente nas áreas urbanas. Consistia em uma turma e um professor, e compareciam de vinte a trinta alunos. Nas comunidades rurais havia escolas para filhos de membros ricos da classe mercantil e de agricultores.
Os desenhos Ukiyo-e começaram a ser produzidos no final do século, mas foi somente em 1764 que Harunobu "produziu a primeira impressão policromada. Designers da geração seguinte, como Torii Kiyonaga e Utamaro, criaram representações elegantes de cortesãos. O estilo Ukiyo-e ganhou grande importância durante o século e até mesmo muitos pintores ocidentais, como Edgar Degas e Vincent Van Gogh, foram influenciados por suas técnicas (ver Japonismo).
O budismo e o xintoísmo continuaram sendo uma parte importante da sociedade japonesa no período Edo. O budismo misturado ao neoconfucionismo fornecia padrões de comportamento social e, embora não tivessem mais a mesma força política do passado, era promovido e praticado pelas classes altas. Com a proibição do cristianismo em 1640, o budismo foi beneficiado, já que o bakufu ordenou que todos os habitantes tivessem que se registrar em um dos templos. Desta forma, enquanto o Budismo serviu de base social, o Xintoísmo serviu de base para o sistema político e ajudou a preservar a identidade nacional.