Antes da sua restauração em 2003, o Palácio dos Reis de Navarra (atual sede do Arquivo Real e Geral de Navarra) encontrava-se em avançado estado de degradação. Esta deterioração foi consequência de séculos de uso contínuo, intervenções inadequadas, abandono parcial e conflitos militares, que afectaram gravemente tanto a integridade estrutural como o valor patrimonial do edifício. O complexo acumulou diversas patologias construtivas que comprometeram sua estabilidade física e conservação histórica.
Em primeiro lugar, foram detectados danos estruturais significativos: paredes de suporte enfraquecidas, fissuras generalizadas, colapsos parciais e deformações nas estruturas do solo, especialmente nas zonas superiores. Desde que deixou de funcionar como quartel militar, em 1971, o edifício sofreu abandono funcional e prolongada falta de manutenção, agravada pela utilização inadequada como quartel, que alterou espaços e materiais originais. É provável que as modificações derivadas do uso militar ao longo dos séculos tenham contribuído para um traçado interno desorganizado, com intervenções que ignoraram a lógica construtiva tradicional e os materiais originais.
Além disso, o edifício foi danificado por diversas explosões e incêndios históricos, como os ocorridos no paiol de pólvora em 1675 e 1733. Estes acontecimentos deterioraram tanto o aspecto exterior como a integridade dos materiais mais expostos. Outros danos vieram de incêndios intencionais ocorridos entre 1978 e 1983, deixando o edifício em estado profundamente degradado e abandonado. Atos de vandalismo destruíram partes do telhado, pisos de madeira e acabamentos internos. Nessa altura, a população de Navarra manifestou preocupação com a situação do edifício e com o risco de perda irreversível do palácio.
Infere-se que, no momento da restauração, o edifício apresentava inúmeras patologias causadas pela umidade, em estado de degradação. Tendo perdido grande parte do telhado e dos pisos, as precipitações e as fugas de água afectaram inevitavelmente a conservação. A umidade penetrou tanto por capilaridade quanto através de telhados e sistemas de drenagem danificados. Estas condições de humidade provocaram a degradação dos revestimentos, a perda de argamassa, o aparecimento de eflorescências salinas e a proliferação biológica em diversas zonas do edifício.
O abandono funcional durante grande parte do século, somado ao vandalismo e à falta de manutenção, acelerou o processo de deterioração. Em Dezembro de 1994, mais de metade do Palácio Real foi demolido, apesar de tal não estar previsto no projecto inicial. As autoridades alegaram que a área demolida foi acrescentada posteriormente e não fazia parte da estrutura original. No entanto, alguns interpretaram-no como uma violação das leis de protecção do património e uma falha na defesa do Património Cultural e Artístico de Navarra.
Antes da intervenção de reabilitação, o rés-do-chão do palácio conservava um pátio com cerca de 20 x 20 metros, parcialmente portico nos dois lados. O pórtico era sustentado por pilares de madeira com seis metros de altura, coroados por cachorros esculpidos com motivos zoomórficos. Estas mísulas e pilares sustentavam uma galeria superior fechada acrescentada no século I, que percorria o nível superior do pátio. Da mesma forma, sob a galeria existia uma escadaria nobre gótica do século XIX. No centro do pátio também foi preservada uma cisterna de grande importância histórica. Todos estes elementos – os cachorros esculpidos, a galeria superior, a escadaria e a cisterna – foram eliminados durante a intervenção.
Na ala poente do edifício, correspondente aos antigos aposentos reais, existia no rés-do-chão uma sala de estar com tecto em caixotões de madeira decorados com motivos de folha de carvalho, datada de finais do século XIX. Este telhado foi severamente danificado por incêndios após abandono e acabou não sendo restaurado, mas removido. Houve mobilizações cidadãs em defesa destes elementos arquitetónicos históricos e contra a sua demolição, mas não foram tidas em conta pelas autoridades competentes e não conseguiram evitar a perda destes bens patrimoniais.
A fotografia seguinte, tirada após a demolição da ala nascente e a limpeza da estrutura medieval, mostra que apenas o edifício construído no século XVII, no reinado de Sancho, o Sábio, permaneceu de pé. O estado do edifício antes da reabilitação era crítico, necessitando de uma intervenção abrangente para garantir a sua conservação, funcionalidade e valorização como bem patrimonial de primeira linha.
Algumas fachadas exteriores ficaram tão danificadas que não puderam ser restauradas com técnicas convencionais. Por esta razão, Rafael Moneo optou por reconstruí-los respeitando as formas, materiais e texturas originais, envolvendo o volume existente com novas fachadas de silhar. Este método não foi aplicado a todo o edifício, razão pela qual as novas construções contíguas foram feitas com a mesma pedra mas tratadas com técnicas modernas. Este contexto justificou a necessidade de uma intervenção global que combinasse princípios de conservação do património com soluções contemporâneas para adaptar a estrutura à sua nova função de arquivo histórico.