República
Em 1821, quando o vice-rei José de la Serna, conde dos Andes, deixou Lima, José de San Martín instalou-se brevemente no palácio; depois mudou-se para a casa de campo do vice-rei no Palacio de la Magdalena "Palacio de la Magdalena (Pueblo Libre)") localizado no Pueblo de la Magdalena (hoje distrito de Pueblo Libre), que os nativos daquele lugar conheciam pelo apelido de "Palacio", um edifício não tão suntuoso quanto o nome nos faria pensar, que o vice-rei Joaquín de la Pezuela, Marquês de Viluma havia construído, de adobe e de uma corte mais simples, para descanso e consolo dos vice-reis e sua corte, mas que era ocupada por sua filha.
De 1836 a 1839, durante a Confederação Peru-Boliviana, foi sede do governo do protetor Andrés de Santa Cruz até a restauração da República do Peru com o governo de Agustín Gamarra, após a Guerra contra a Confederação Peru-Boliviana. Durante o governo de Ramón Castilla, o palácio talvez tenha vivido o seu melhor período, pois foi por ele enriquecido com diversas obras de arte. Em 1865, o arquiteto suíço Michele Trefogli realizou a reforma do palácio do governo, onde projetou e construiu a grande sala de jantar de vidro, sob as ordens do General Juan Antonio Pezet, vice-presidente da República.
Durante a Guerra do Pacífico, no palácio foi instalado o Batalhão Bulnes,[9] parte das tropas do exército chileno que, sob o comando do Contra-Almirante Patricio Lynch, ocuparam a cidade de Lima, de 17 de janeiro de 1881 a 23 de outubro de 1883,[10][11][12][13] quando, após a assinatura do Tratado de Ancón, Miguel Iglesias assumiu o governo provisório do Peru.
Antes de deixar o palácio, os soldados chilenos o saquearam #Los_documentos_del_Palacio_de_Gobierno "Saque de livros e documentos em Lima (1881)"), levando inúmeros objetos valiosos - entre eles, dois canhões que flanqueavam a porta principal do palácio, retratos dos vice-reis e presidentes até a Guerra do Pacífico, e todos os móveis, tapetes e luminárias. Algumas obras de arte foram queimadas ou levadas embora. para o Chile.[15].
Em dezembro de 1884, ocorreu um incêndio em um dos chamados Cajones de Ribera que o danificou parcialmente e os arquivos do Tribunal Superior de Contas "Tribunal de Cuentas (Espanha)") que datavam do século XIX foram perdidos. Quando este incidente ocorreu, o General Miguel Iglesias foi quem governou. Durante a administração de Iglesias, o governo decidiu dar ao edifício a dignidade e a elegância que deveria ter como sede do governo, ordenando o despejo dos comerciantes e a construção de uma nova fachada em cada um dos seus lados. Em 1886, durante o governo de Andrés Avelino Cáceres, foram restauradas instalações danificadas. Durante o governo de Nicolás de Piérola Villena, a fachada do palácio foi valorizada com a colocação de duas varandas abertas nas extremidades onde hoje se encontram as varandas de desfile.
No início do século, durante o governo de José Pardo y Barreda, foi convocado um concurso internacional para a construção de uma residência presidencial; O vencedor foi o arquiteto Emile Robert, cujo projeto, de estilo arquitetônico francês, nunca foi realizado. Presume-se que este desenho poderá ter servido de inspiração ao arquitecto polaco Ricardo de Jaxa Malachowski no desenho da fachada principal, voltada para a Plaza Mayor, do novo palácio.
Em 3 de julho de 1921, ocorreu outro incêndio, destruindo grande parte da ala direita do palácio, ou seja, as grandes salas, salas e gabinetes do chefe de Estado. O presidente Augusto Leguía iniciou posteriormente a transformação do edifício erguendo uma elegante fachada de pedra na qual foi mantida a Puerta de Honor, e que foi preservada no novo edifício, e duas semanas depois ordenou a construção do Salão Inca, feito de papel machê, com motivos indígenas e contemporâneos.
Os designers foram, entre outros, o arquitecto e escultor espanhol Manuel Piqueras Cotolí e o pintor Jorge Vinatea Reinoso. Havia urgência porque se aproximavam as comemorações do Centenário da Independência do Peru e Leguía havia deixado aberto o Grande Salão de Recepção, que tem muitas semelhanças, em termos de caixotões de teto e decoração de paredes, com o Palácio do Quirinal, em Roma.
Em 1926, Leguía encomendou ao arquitecto francês Claude Antoine Sahut Laurent a concepção do novo Palácio do Governo, julgando nessa altura que o edifício danificado era arquitectonicamente insignificante e de elevação modesta. As obras de Sahut foram influenciadas pelos estilos historicista e francês; No entanto, foi um dos arquitectos que deu origem ao estilo neocolonial com tendências mouriscas, que se reflecte no desenho do palácio.
Algumas das salas que desenhou foram: a Sala Eléspuru e Choquehuanca, a Sala Pizarro, a Sala Dourada ou de Recepção, o Gabinete Presidencial e o Pátio Sevilhano onde se encontra o jardim com a "Figueira Pizarro". A Empresa Fundação foi a empresa responsável pela execução da estrutura do edifício, sendo Carlos Willis o administrador das obras e Mariano Barboza o diretor de obras públicas.
Em 1929, em decorrência da quebra da Bolsa de Valores de Nova York e da crise econômica mundial, a Companhia Fundação paralisou suas atividades no Peru, deixando o Salão de Recepções inacabado. Leguía foi derrubada em 22 de agosto de 1930 e as obras de construção do atual palácio do governo foram paralisadas. A Porta de Entrada, a Sala Eléspuru, a Sala Sevilhana, a Sala Dourada, a Sala Pizarro e o Gabinete Presidencial correspondem à década XX do século, preservando a disposição e localização da escadaria – agora em mármore branco e revestida com caixotões de estilo renascentista espanhol – onde os Cavaleiros do Manto subiram para assassinar Francisco Pizarro em 26 de junho de 1541 e onde hoje se chega a estes salões cerimoniais.
Por ocasião da chegada ao Peru de Sua Alteza Real o Príncipe de Gales (futuro Eduardo VIII), durante o governo do General Luis Miguel Sánchez Cerro, a empresa de Sahut foi novamente contratada para continuar a reconstrução do palácio. Sánchez Cerro ordenou a conclusão do Salão de Recepções e das salas contíguas, incluindo o Gabinete Presidencial, o Salão dos Embaixadores, o Salão das Senhoras, a Sala dos Ajudantes de Campo, a Sala dos Representantes, a Sala Luís XVI, a Sala dos Ministros; que foram inaugurados durante a visita do herdeiro ao trono do Reino Unido em 12 de fevereiro de 1931, mas em 1932 as obras foram novamente paralisadas.
Mais tarde, o presidente Óscar R. Benavides contratou o arquiteto Ricardo de Jaxa Malachowski para concluir a construção. A obra iniciou-se em 24 de agosto de 1937, com a demolição da parte antiga, que se prolongou até ao ano seguinte, sendo a construção feita por troços com o emprego de dois mil operários. Mas para o quarto centenário da fundação de Lima, em 1935, foram demolidas as últimas paredes do palácio de Pizarro, mas não antes de se realizarem escavações em busca do tesouro que, segundo a lenda, Pizarro escondeu antes de ser assassinado pelos Almagritas.
A fachada do palácio (entrada principal) voltada para a Plaza Mayor, a ala esquerda (voltada para a Rua Pescadería), o cinema, a capela e a residência correspondem a essa época. Desde 1938, o palácio do governo tem o aspecto atual, cujo estilo arquitetônico é o neobarroco de inspiração francesa. Em 1987, durante o primeiro mandato do presidente Alan García, foi inaugurado um monumento de Andrés Avelino Cáceres no pátio do palácio. Durante o segundo período do governo de Alberto Fujimori, por recomendação de sua filha, a então primeira-dama Keiko Fujimori, foram realizados alguns polêmicos trabalhos de pintura nos interiores do palácio, como no Salão Principal.
Estas obras foram realizadas por um artista espanhol, amigo pessoal de Keiko Fujimori, que sugeriu pintar as instalações do palácio com cores que refletissem as tendências artísticas em voga na época. Durante o governo de Alejandro Toledo, foram realizadas obras para dar uma nova aparência ao Pátio de Honra. Ao longo da história republicana do Peru, vários Ministérios funcionaram nas instalações do palácio, e hoje é a sede do gabinete dos Vice-Presidentes da República.
Em 2005, foi instalada uma nova iluminação na Casa de Pizarro (com o objetivo de realçar sua fachada à noite) no âmbito do projeto denominado Circuito Turístico da Luz, realizado por iniciativa do então prefeito de Lima, Luis Castañeda Lossio, para melhorar o centro histórico da cidade. Dentro do grupo de edifícios iluminados também foram considerados o Município Metropolitano e a Catedral de Lima. No início de Fevereiro de 2007, o brasão nacional que se encontra no topo da frontaria da fachada principal do palácio foi pintado a óleo com as cores vermelho, verde e azul.
O símbolo nacional, que mede dois metros de cada lado, foi pintado pelos alunos da Escola Nacional Superior Autônoma de Belas Artes do Peru, Jorge Ramírez e Ivo Fuentes, convocados pela área de restauração da referida escola. Ambos os jovens foram orientados pela coordenadora da Escola de Belas Artes, Leslie Lee. Eles trabalharam em tempo integral durante quatro dias em um andaime suspenso de doze metros de altura. Em 8 de maio de 2009, o presidente Alan García inaugurou um obelisco colocado no pátio principal, à direita da entrada principal que dá para a Plaza Mayor, do Palácio do Governo, como uma lembrança das vítimas do terrorismo no Peru.[18].
Durante sua primeira mensagem à Nação no Palácio Legislativo, no dia 28 de julho de 2021, o presidente Pedro Castillo garantiu que não utilizaria as instalações como sede de governo e que o prédio também serviria como museu. Esta proposta acabou por ser descartada dado que não existiam outros edifícios governamentais adequados ao exercício do Poder Executivo.