Modelo de transição
Introdução
Em geral
Modelos de transição hélice-bobina são técnicas formalizadas de mecânica estatística desenvolvidas para descrever as conformações de polímeros lineares em solução. Os modelos são comumente, mas não exclusivamente, aplicados a polipeptídeos como uma medida da fração relativa da molécula na conformação de hélice alfa versus a fração na conformação de espiral aleatória. O principal interesse em investigar a formação de alfa-hélices é que as principais características do enovelamento de proteínas sejam encontradas, mas na versão mais simples possível.[1].
A maioria dos modelos de hélice contém parâmetros para a probabilidade de nucleação da hélice a partir de uma região da bobina e a propagação da hélice através da sequência, uma vez nucleada. Como os polipeptídeos são direcionais e possuem extremidades N-terminais e C-terminais diferentes, os parâmetros de propagação podem diferir para cada uma das direções.
Alguns modelos comuns seriam o modelo Zimm-Bragg e o modelo Lifson-Roig) e suas extensões e variações.
A energia da hélice hospedeira de poliadenina em solução aquosa é:.
onde m - é o número de resíduos na hélice.[2].
Referências
- [1] ↑ Doig AJ (2008). «The alpha-Helix as the Simplest Protein Model: Helix–Coil Theory, Stability, and Design». En Muñoz V, ed. Protein Folding, Misfolding and Aggregation: Classical Themes and Novel Approaches. Royal Society of Chemistry.
- [2] ↑ Chakrabartty A, Baldwin RL (1995). «Stability of alpha-helices». Adv Protein Chem 46: 141-176.