Los orígenes de las inundaciones pueden ser muy variados, pudiéndose distinguir, en un principio, los de origen marino o fluvial.

Cuando una tormenta aporta más agua al terreno que la que éste puede absorber se produce un efecto de escorrentía. Esto puede ocurrir porque el aporte es torrencial, por ejemplo en una gota fría, o por factores que acrecientan los efectos de las fuertes tormentas, por ejemplo, la deforestación y las ocupaciones de las riberas de los cursos de agua y de los cauces reservados para las avenidas "Avenida (hidrología)").

Los huracanes se generan como tormentas marinas que llegan a tierra e inundan zonas costeras, aunque en caso de fuerza grande pueden adrentrarse varios cientos de kilómetros.

El origen marino puede representarse por efecto como la marejada ciclónica aunque existen inundaciones de origen no meteorológico que pueden ser debidas a seísmos en el mar y los consiguientes maremotos.

Los tornados pueden ser terrestres o marinos y pueden aportar grandes cantidades de agua de forma muy localizada en el espacio y el tiempo.

El sandur de Skeiðarársandur") creció de forma considerable en las inundaciones producidas por una erupción volcánica, en 1996, que derritió un glaciar en Islandia.