La Fundación Guggenheim aprobó en diciembre de 2017 un plan estratégico para los años 2018-2020 con el fin de buscar un emplazamiento para una futura ampliación del museo fuera de Bilbao, barajándose Urdaibai, Guernica y otras zonas de Vizcaya.[29][30][31].
A finales de diciembre de 2020 se informó que del total de los 25 proyectos del Territorio de Vizcaya que optaban a beneficiarse en el reparto de los fondos europeos Next Generation, se incluía el Guggenheim Gernika, ampliación verde del Museo Guggenheim Bilbao, con 127 millones de euros, 81 de la UE:[32][33][34].
El 7 de junio de 2021 se daba a conocer que el Guggenheim aspiraba a crecer en Urdaibai en dos sedes unidas por una vía verde: la antigua fábrica de cubiertos Dalia en Gernika y el Astillero de Murueta acogerían la ampliación si el proyecto conseguía financiación de los fondos europeos Next Generation.[35][36][37][38].
El 8 de mayo de 2022 se notificó que la Diputación había comenzado ya los trámites administrativos para construir la ampliación del Guggenheim en dos sedes separadas (Gernika y Murueta) unidas por una senda ecológica de cinco kilómetros de recorrido a través de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai. Para ello activó el primer trámite para cambiar la normativa urbanística y dar cabida en la reserva al futuro centro cultural.[39][40][41].
El 26 de julio del mismo año se informó que la Diputación había destinado 40 millones de euros como primera inversión y se había firmado un protocolo con el Gobierno central, que aportaría fondos europeos al futuro museo.[42][43] El 28 de septiembre anunció que había contratado un equipo internacional de prestigio para el proyecto arquitectónico, el cual fijaría para comienzos de 2023 sus bases arquitectónicas y medioambientales. El Guggenheim Urdaibai abriría solo algunos meses al año con un cupo máximo de visitantes.[44][45][46][47] El 8 de octubre se especificó que el Gobierno central se sumaba a la operación para ejecutar el Guggenheim de Urdaibai activada por la Diputación. El anteproyecto de los Presupuestos Generales del Estado (PGE) para 2023 contempló una partida de 14,67 millones destinados a «actuaciones singulares de desarrollo sostenible» en la reserva de la biosfera.[48].
El 18 de octubre de 2022, en plena celebración del Guggenheim de Bilbao, el Gobierno vasco reconoció que el proyecto para el Guggenheim de Urdaibai era "complejo" y presentaba "dificultades".[49][50][51] Seguidamente, el Gobierno central pidió al vasco que «despejara incógnitas» sobre su apoyo al Guggenheim de Urdaibai.[52] El 4 de noviembre se supo que el Gobierno vasco dejaba fuera del presupuesto de Cultura el Guggenheim de Urdaibai al considerar que el proyecto «no está suficientemente desarrollado» para incluirlo en las Cuentas de 2023.[53] El 10 del mismo mes, se publicó que la Diputación «blindaba» 40 millones para ejecutar «cuando sea» el Guggenheim de Urdaibai, reservando la partida aún sabiendo que no la utilizaría en 2023 y destinando otros 10 millones a estudiar los suelos, potencialmente contaminados, donde se ubicará la pinacoteca.[54] Dos días después se conocía que el Gobierno central aportaría 40 millones de euros al Guggenheim de Urdaibai al aceptar una enmienda del PNV a los Presupuestos Generales del Estado para sumar otros 25 millones a los 15 ya previstos, igualando la partida reservada por la Diputación.[55] El 22 de noviembre se supo que el Gobierno central revisó la ley de Costas en Urdaibai para encajar el Guggenheim.[56].
El 12 de diciembre de 2022, el Patronato del Museo Guggenheim reafirmó su voluntad de impulsar la apertura de una sede en Urdaibai como proyecto «estratégico» de futuro,[57] y un día después se supo que el estudio de arquitectura Cooper Robertson, con sede en Manhattan, había sido contratado por la Fundación Guggenheim de Nueva York para sentar las bases del nuevo museo, cuyo equipo de expertos culminaría su trabajo durante el primer trimestre de 2023.[58].
A princios de 2023, Richard Armstrong, director de la fundación Guggenheim de Nueva York, expresó su «confianza total» en el proyecto de Urdaibai, mientras Vidarte matizaba en una presentación conjunta que el proyecto aún precisaba de «una confirmación plena» por parte del patronato.[59].
El 19 de mayo de 2023, la Diputación anunció en plena campaña electoral el inicio de los trabajos del Guggenheim de Urdaibai, con las obras de demolición de la antigua fábrica Dalia en Gernika, una de las dos futuras sedes del complejo, tras el verano.[60][61].
El 18 de junio de 2023 se dio a conocer que el estudio neoyorquino de arquitectura Cooper Roberston cifró en 130 millones el Guggenheim Urdaibai y que el contenido detallado del informe fue dado a conocer a los miembros del Patronato de la Fundación Guggenheim Bilbao en su reunión del 14 de junio.[62] El primer boceto del Guggenheim de Urdaibai proyectó un gran auditorio y dos restaurantes, tendría la entrada en Gernika y ocuparía 60.000 metros cuadrados. La Diputación recibió el primer boceto del nuevo museo e informó de que convocaría un concurso de ideas para su diseño final.[63][64][65].
El Consejo de Ministros aprobó el 4 de julio de 2023 una subvención de 40 millones que lanzó definitivamente el proyecto del Guggenheim de Urdaibai.[66][67] El Gobierno Vasco confirmó su respaldo al proyecto.[68][69].
El 1 de agosto de 2023 se dio a conocer que un informe de Costas allanaba el camino para levantar el Guggenheim de Urdaibai. El Gobierno central aprobaría así el cambio solicitado por la Diputación para dar encaje legal al centro cultural en la marisma.[70] Sin embargo, en noviembre de 2023 se supo que el Gobierno vasco posponía su adhesión al proyecto a después de las autonómicas para no generar tensiones territoriales.[71].
El 22 de enero de 2024 se informó que el Gobierno vasco y la Diputación se daban dos años para decidir si el Guggenheim de Urdaibai era «viable».[72][73] Al día siguiente, el PNV aclaró que el nuevo Guggenheim se ejecutaría pese a las dudas, negando que el proyecto se enfriara dos años por razones electorales y ratificando su «apuesta firme» por construirlo en Urdaibai.[74][75][76][77][78] Posteriormente, el lehendakari replicó al PNV e insistió en que era «partidario» de un periodo de reflexión sobre el Guggenheim de Urdaibai, apostando por tomarse dos años para analizar la viabilidad del proyecto pero reconociendo que su propio Gobierno era favorable a construir la pinacoteca.[79] Defendió que la ampliación del Museo Guggenheim en Urdaibai podría ser un elemento de reactivación socioeconómica de Busturialdea y que "podría encajar" entre las medidas que se planteen dentro del plan de revitalización para la comarca. Además, dejó claro que él "no ha confirmado, negado ni puesto en duda nada" en relación con este proyecto impulsado por la Diputación Foral de Bizkaia.[80].
El 15 de junio de 2024, se dio a conocer que la Diputación tenía previsto acometer «en unas pocas semanas», previsiblemente antes de agosto, los primeros derribos en la parcela de Gernika que ocuparía en el futuro una de las dos sedes con las que contará el Guggenheim de Urdaibai.[81][82][83].
Más de un año después, el 30 de noviembre de 2025, se informaba que las instituciones se planteaban paralizar el proyecto por la avalancha de exigencias técnicas y el revuelo social.[84].