Con el decreto “Plan de Apertura de Datos” 117/16 del presidente Mauricio Macri, el organismo publicó en 2016 en el Portal Nacional de Datos Públicos[18]​.

A mediados de 2016 Alonso, fue denunciada por "mal desempeño de sus funciones", "abuso de autoridad" e incumplimiento de deberes públicos" por su actuación en los Panamá Papers.[19]​[20]​[21]​ La causa que quedó registrada con el número 3.781/2016.[22]​ Al respecto Laura Alonso defendió a Macri argumentando que Constituir sociedad en paraíso fiscal no es delito en sí mismo.[23]​.

En 2016 la Sala II de la Cámara Federal ordenó que se determine si la Oficina Anticorrupción (OA), a cargo de Alonso, elige en qué causas interviene y cuáles deja pasar motivada a partir de intereses políticos o económicos.[24]​ La justicia abrió una causa para determinar si Alonso hace "persecución selectiva" desde la Oficina Anticorrupción.[22]​ Meses después se presentó otra denuncia contra la oficina y su titular por un supuesto direccionamiento de las denuncias que radicó en la Justicia federal, contra opositores al gobierno de Mauricio Macri. Según la denuncia del dirigente Juan Grabois: "Alonso actúa con parcialidad manifiesta. Es una funcionaria militante que no está luchando contra la corrupción sino persiguiendo adversarios políticos.[25]​ Ese mismo año fiscal Franco Picardi abrió una investigación penal donde pidió todas las causas donde actuó la Oficina Anticorrupción por direccionar causas contra políticos opositores y encubrir supuestas maniobras de funcionarios del gobierno de Cambiemos.[26]​.

A mediados de 2016 fue denunciada por cajonear un expediente contra el entonces ministro de Energía, Juan José Aranguren, por irregularidades en la compra de gas a Chile.[27]​[28]​.

Durante el primer año de Alonso al mando de la Oficina más de 22.000 funcionarios públicos por distintos motivos no presentaron sus formularios de declaraciones juradas en 2016.[29]​ Al año siguiente la Oficina Anticorrupción les dio más tiempo a los funcionarios para presentar sus declaraciones juradas.[30]​ En 2017 se conoció que la titular de la oficina, Laura Alonso incrementó en un solo año su patrimonio en 160% mientras estaba al frente del organismo y se encuentra tercera en el ranking de funcionarios del Gobierno con mayor crecimiento patrimonial.[31]​En 2018 tras el descubrimiento de decenas de casos de nepotismo en el gabinete Nacional y pese a estar vigente el régimen de incompatibilidades de la Ley N.º 25.188 (Ley de Ética Pública) Laura Alonso fue criticada por no investigar. Días después como jefa de la Oficina Anticorrupción amenazó a una periodista de diario Perfil que accionaría si se publicaba la información de que su hermana es empleada en la Secretaría General de la Presidencia.[32]​ Alonso afirmó que su hermana llevó su CV a la Fundación Pensar, una fundación privada ligada al macrismo. La funcionaria luego llamó a Perfil para advertir que iba a ‘responder’ con acciones si la información era publicada.[33]​ Soledad Alonso, hermana de la funcionaria, mantuvo su puesto en la estructura de la Secretaría General de Presidencia, a cargo de Fernando De Andreis"). La actitud amenazante de Alonso se suma a las investigaciones realizadas por el diario porteño Página 12 sobre un posible conflicto de interés en su propia área, ya que contrató a una consultora privada de comunicación que a su vez trabaja para distintos organismos del Poder Ejecutivo que su oficina debe controlar.[34]​Ya que días antes de filtró que Alonso contrató a una consultora para los servicios de prensa de la Oficina Anticorrupción a una empresa vinculada a un exfuncionario macrista. Violando el artículo 13 de la ley de Ética Pública determina que “es incompatible con el ejercicio de la función pública dirigir, administrar, representar, patrocinar, asesorar, o, de cualquier otra forma, prestar servicios a quien gestione o tenga una concesión o sea proveedor del Estado”.[35]​

En febrero de 2017 un grupo de diputados denunció penalmente a la titular de la Oficina Anticorrupción por al acuerdo firmado entre el Gobierno y el Correo Argentino, donde le condonaría al Grupo Macri una deuda con el Estado de alrededor de 70 mil millones de pesos.[36]​[37]​ Ese mismo mes la Oficina Anticorrupción defendió el uso del helicóptero presidencial por parte de la primera dama Juliana Awada para viajes personales a Uruguay. La revelación se dio a conocer cuando el diario uruguayo El País "El País (Uruguay)") reveló que Mauricio Macri envió el helicóptero oficial para buscar a su esposa Juliana Awada y su hija Antonia que volvían de vacaciones en Punta del Este.[38]​[39]​.

En 2018 fue denunciada penalmente por una supuesta “negociación de impunidad”con la empresa brasileña Odebrecht, denunciada por pago de coimas en el Lava Jato. Hubo encuentros a puertas cerradas con los ejecutivos de la filial argentina de Odebrecht, que fueron considerados intentos de obtener anticipadamente la información confidencial que aquellos pudieran aportar y de ese modo, controlar los daños que puedan producir sobre el círculo íntimo del Presidente.[40]​.

En 2019 la Oficina bajo la gestión de la exdiputada del PRO Laura Alonso fue condenada a entregar en un plazo de 15 días toda la información y documentación que desde hace un año le oculta a la Auditoría General de la Nación (AGN), que intenta analizar su desempeño al igual que hace con el resto de los organismos públicos.[41]​.

En 2020 Mauricio Macri y varios de sus funcionarios entre ellos como Laura Alonso, Guido Sandleris y Javier González Fraga, fueron denunciados penalmente por "defraudación al Estado" en el caso Vicentín. El caso se inició cuando se descubrió que durante la gestión de Macri, el Banco Nación le otorgó créditos irregulares por 18 000 millones de pesos a la cerealera Vicentin que había sido la principal aportante de la campaña de Cambiemos.[42]​[43]​.

En 2019 Gabriela Michetti y Laura Alonso, fueron denunciadas por tráfico de influencias a raíz de los audios de Michetti que se hicieron públicos donde se revelan que la vicepresidenta intercedió ante la entonces titular macrista de la Oficina Anticorrupción para ayudar a un colaborador suyo, Guillermo Pino, imputado por irregularidades en ANSES por desvío de fondos de 118 millones de pesos. En los audios Michetti le pidió a la titular de la Oficina Anticorrupción Laura Alonso, que desvincule de una investigación de ese organismo "Hola Lau, te agradezco por haberle dado la reunión a mi amigo. Se llama Guillermo Pino, es uno de los que está involucrado en la denuncia de la ANSES por el tema comunicaciones ... es del estilo nuestro. [44]​En otro audio Michetti expresaba "Laura, necesito que te juntes con un amigo mío, que está trabajando conmigo además"[45]​.

Con el decreto “Plan de Apertura de Datos” 117/16 del presidente Mauricio Macri, el organismo publicó en 2016 en el Portal Nacional de Datos Públicos[18]​.

A mediados de 2016 Alonso, fue denunciada por "mal desempeño de sus funciones", "abuso de autoridad" e incumplimiento de deberes públicos" por su actuación en los Panamá Papers.[19]​[20]​[21]​ La causa que quedó registrada con el número 3.781/2016.[22]​ Al respecto Laura Alonso defendió a Macri argumentando que Constituir sociedad en paraíso fiscal no es delito en sí mismo.[23]​.

En 2016 la Sala II de la Cámara Federal ordenó que se determine si la Oficina Anticorrupción (OA), a cargo de Alonso, elige en qué causas interviene y cuáles deja pasar motivada a partir de intereses políticos o económicos.[24]​ La justicia abrió una causa para determinar si Alonso hace "persecución selectiva" desde la Oficina Anticorrupción.[22]​ Meses después se presentó otra denuncia contra la oficina y su titular por un supuesto direccionamiento de las denuncias que radicó en la Justicia federal, contra opositores al gobierno de Mauricio Macri. Según la denuncia del dirigente Juan Grabois: "Alonso actúa con parcialidad manifiesta. Es una funcionaria militante que no está luchando contra la corrupción sino persiguiendo adversarios políticos.[25]​ Ese mismo año fiscal Franco Picardi abrió una investigación penal donde pidió todas las causas donde actuó la Oficina Anticorrupción por direccionar causas contra políticos opositores y encubrir supuestas maniobras de funcionarios del gobierno de Cambiemos.[26]​.

A mediados de 2016 fue denunciada por cajonear un expediente contra el entonces ministro de Energía, Juan José Aranguren, por irregularidades en la compra de gas a Chile.[27]​[28]​.

Durante el primer año de Alonso al mando de la Oficina más de 22.000 funcionarios públicos por distintos motivos no presentaron sus formularios de declaraciones juradas en 2016.[29]​ Al año siguiente la Oficina Anticorrupción les dio más tiempo a los funcionarios para presentar sus declaraciones juradas.[30]​ En 2017 se conoció que la titular de la oficina, Laura Alonso incrementó en un solo año su patrimonio en 160% mientras estaba al frente del organismo y se encuentra tercera en el ranking de funcionarios del Gobierno con mayor crecimiento patrimonial.[31]​En 2018 tras el descubrimiento de decenas de casos de nepotismo en el gabinete Nacional y pese a estar vigente el régimen de incompatibilidades de la Ley N.º 25.188 (Ley de Ética Pública) Laura Alonso fue criticada por no investigar. Días después como jefa de la Oficina Anticorrupción amenazó a una periodista de diario Perfil que accionaría si se publicaba la información de que su hermana es empleada en la Secretaría General de la Presidencia.[32]​ Alonso afirmó que su hermana llevó su CV a la Fundación Pensar, una fundación privada ligada al macrismo. La funcionaria luego llamó a Perfil para advertir que iba a ‘responder’ con acciones si la información era publicada.[33]​ Soledad Alonso, hermana de la funcionaria, mantuvo su puesto en la estructura de la Secretaría General de Presidencia, a cargo de Fernando De Andreis"). La actitud amenazante de Alonso se suma a las investigaciones realizadas por el diario porteño Página 12 sobre un posible conflicto de interés en su propia área, ya que contrató a una consultora privada de comunicación que a su vez trabaja para distintos organismos del Poder Ejecutivo que su oficina debe controlar.[34]​Ya que días antes de filtró que Alonso contrató a una consultora para los servicios de prensa de la Oficina Anticorrupción a una empresa vinculada a un exfuncionario macrista. Violando el artículo 13 de la ley de Ética Pública determina que “es incompatible con el ejercicio de la función pública dirigir, administrar, representar, patrocinar, asesorar, o, de cualquier otra forma, prestar servicios a quien gestione o tenga una concesión o sea proveedor del Estado”.[35]​

En febrero de 2017 un grupo de diputados denunció penalmente a la titular de la Oficina Anticorrupción por al acuerdo firmado entre el Gobierno y el Correo Argentino, donde le condonaría al Grupo Macri una deuda con el Estado de alrededor de 70 mil millones de pesos.[36]​[37]​ Ese mismo mes la Oficina Anticorrupción defendió el uso del helicóptero presidencial por parte de la primera dama Juliana Awada para viajes personales a Uruguay. La revelación se dio a conocer cuando el diario uruguayo El País "El País (Uruguay)") reveló que Mauricio Macri envió el helicóptero oficial para buscar a su esposa Juliana Awada y su hija Antonia que volvían de vacaciones en Punta del Este.[38]​[39]​.

En 2018 fue denunciada penalmente por una supuesta “negociación de impunidad”con la empresa brasileña Odebrecht, denunciada por pago de coimas en el Lava Jato. Hubo encuentros a puertas cerradas con los ejecutivos de la filial argentina de Odebrecht, que fueron considerados intentos de obtener anticipadamente la información confidencial que aquellos pudieran aportar y de ese modo, controlar los daños que puedan producir sobre el círculo íntimo del Presidente.[40]​.

En 2019 la Oficina bajo la gestión de la exdiputada del PRO Laura Alonso fue condenada a entregar en un plazo de 15 días toda la información y documentación que desde hace un año le oculta a la Auditoría General de la Nación (AGN), que intenta analizar su desempeño al igual que hace con el resto de los organismos públicos.[41]​.

En 2020 Mauricio Macri y varios de sus funcionarios entre ellos como Laura Alonso, Guido Sandleris y Javier González Fraga, fueron denunciados penalmente por "defraudación al Estado" en el caso Vicentín. El caso se inició cuando se descubrió que durante la gestión de Macri, el Banco Nación le otorgó créditos irregulares por 18 000 millones de pesos a la cerealera Vicentin que había sido la principal aportante de la campaña de Cambiemos.[42]​[43]​.

En 2019 Gabriela Michetti y Laura Alonso, fueron denunciadas por tráfico de influencias a raíz de los audios de Michetti que se hicieron públicos donde se revelan que la vicepresidenta intercedió ante la entonces titular macrista de la Oficina Anticorrupción para ayudar a un colaborador suyo, Guillermo Pino, imputado por irregularidades en ANSES por desvío de fondos de 118 millones de pesos. En los audios Michetti le pidió a la titular de la Oficina Anticorrupción Laura Alonso, que desvincule de una investigación de ese organismo "Hola Lau, te agradezco por haberle dado la reunión a mi amigo. Se llama Guillermo Pino, es uno de los que está involucrado en la denuncia de la ANSES por el tema comunicaciones ... es del estilo nuestro. [44]​En otro audio Michetti expresaba "Laura, necesito que te juntes con un amigo mío, que está trabajando conmigo además"[45]​.