Existe un debate sobre el concepto de edificio "energía cero" entre ambientalistas, académicos y el mercado. Los primeros encuentran que muchos de los casos construidos y difundidos no tienen en cuenta la tasa de retorno energético (TRE) a la hora de evaluar el impacto ambiental del edificio. Esto significa que lo que se pretende es que el edificio no consuma energía durante su periodo de utilización. Mientras muchos edificios construidos y publicados solamente contemplan el gasto energético en el ciclo de funcionamiento y operación del edificio, otros, en particular los que se sometieron a una certificación; contemplan en la ecuación el coste energético que supone implantar los sistemas necesarios para conseguirlo.
Debido a esto, algunos edificios de energía cero pueden caer en el discurso publicitario más que en el ahorro energético en el ciclo de vida integral.
Puede suceder que en algunos casos se entienda la definición de edificio energía cero de modo errado y un ejemplo sería que una persona que colocase un generador y doscientos barriles de petróleo en su casa, obtendría de forma automática un "edificio energía cero", ya que a lo largo de su periodo de uso no necesitaría consumir energía del exterior.
Si se tiene en cuenta que ese petróleo o carbón se emplea igualmente en la fabricación de paneles fotovoltaicos, baterías "Batería (electricidad)"), depósitos, etc, y contabilizando además la energía utilizada en la obtención de los materiales necesarios para su producción (extracción minera, altos hornos, fundición del vidrio, transporte...), se comprende que el concepto de "energía cero", cuando se limita al uso diario del edificio, supone solo una parte de la ecuación, y que puede llevar a una aplicación equivocada.
Hay profesionales sin suficiente formación y conciencia ambiental que podrían utilizar el concepto de forma equivocada e implementar de forma masiva generadores solares térmicos y/o eléctricos y conseguir un edificio autosuficiente de las redes de servicios urbanos y aunque en principio resulte paradójico, no sean los más ecológicos. Esto debido a que se ven obligados a sobredimensionar las instalaciones de captación activa de energía, de tal manera que podrían no llegar nunca a amortizase.
Para ilustrar esto, se puede imaginar una vivienda que utilice paneles solares para calentarse. Si se pretende no depender de energía exterior (que no es lo que se hace regularmente), habrá que colocar suficientes paneles para calentar la vivienda incluso la semana más fría del año. Si se hace así, habrá paneles que solo ahorrarán energía una semana al año; la más fría. Por tanto, el coste energético y económico invertido en esos paneles nunca se va a recuperar. Desde una perspectiva el resultado óptimo se consigue asumiendo el apoyo de energías convencionales durante ese mes más frío, es decir, buscar "baja energía", en lugar de perseguir la "energía cero".
Estas apreciaciones en muchos casos son discursivas y no poseen sustento técnico ni científico, ya que en la situación actual del conocimiento del tema no se cuenta por una parte con información fidedigna del contenido energético de todos los materiales e insumos involucrados en una construcción de estas características. Para esto es necesario conocer exactamente el origen y emisiones de gases de efecto invernadero de cada material que ingresa a una obra. Habrá insumos que provengan de China, donde la matriz energética se centra en el carbón, otras que podrían provenir de Alemania o España con un constante crecimiento de las energías renovables. La fase de construcción y funcionamiento es posible de conocer y simular con bastante precisión, no así el contenido energético de cada material y la obra terminada. Menos aún el contenido de gases de efecto invernadero.
Es un conocimiento en desarrollo en el mundo en este momento y por esto la necesidad de relativizar esta discusión. Si se busca aseverar, cada actor en la polémica debe mostrar trabajos técnicos y científicos que avalen su postura a favor o en contra.