Quanto à sua organização, existem vários órgãos gerais,[17] a nível nacional (todos eleitos democraticamente pela comunidade colegiada) e uma transposição para as demarcações nos órgãos de governo. O Comitê de Gestão é composto por José Javier Díez Roncero, Secretário Geral da Associação, o advogado, sócio de Aguillaume e Linde Abogados, Pablo Linde Puelles"), Diretor Jurídico; Carlos Gasca Cuota, Diretor Técnico e Serviços aos Membros; Luis Pena Lasso, Diretor de Produção, Financiamento e Serviços Gerais, Rafael Macía Villa, Diretor de Comunicação Digital e Lorenzo Martínez Lavado, Diretor de Biblioteca e Publicações.[18].
O Conselho de Governo de Santamera e Loureda (mandato 2012-2016) empenhou-se, desde o início do seu mandato, no reconhecimento do nível de mestrado do título de Engenheiro Civil, o que foi alcançado em abril de 2015.[19] Esta exigência foi iniciada por um grupo de engenheiros rodoviários, de canais e portuários agrupados no blog #soymastereuropeo,[20] liderado pela engenheira civil Marta Serrano.
Na Espanha, para exercer a profissão de Engenheiro Civil, de Canais e Portuários é necessário registro prévio. Nos últimos anos, após o surgimento da nova Lei das Sociedades Profissionais, o registo deste tipo de sociedades também pode ser efectuado neste Colégio e, da mesma forma, em qualquer um dos distritos e escritórios que se distribuem por Espanha.
O título académico de Engenheiro Civil, Canais e Portos ou o Mestrado em Engenharia Civil, Canais e Portos e a inscrição no Colégio de Engenheiros Civis, Canais e Portos habilitam para o exercício da profissão regulamentada de Engenharia Civil, Canais e Portos. A nível europeu, este curso tem o nível universitário mais elevado da Directiva 2005/36/CE, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 7 de Setembro de 2005, sobre o reconhecimento das qualificações profissionais (art. 11.e) e do Real Decreto 1837/2008 que o incorpora no ordenamento jurídico espanhol (art. 19.5 e Anexo VIII). A Engenharia Técnica de Obras Públicas tem um nível inferior: o do artigo 11.d da referida Directiva e o do artigo 19.4. do Real Decreto 1837/2008.
O título de Engenheiro Técnico ou Licenciatura em Engenharia Civil tem o nível de Licenciatura e corresponde ao EQF-6, e não dá acesso à Faculdade de Engenheiros Civis, Canais e Portos. Os títulos acima referidos dão origem, no domínio profissional da engenharia civil, a duas profissões regulamentadas e com registo obrigatório para o seu exercício com competências distintas, a Engenharia Civil, Canais e Portos - à qual se acede com o título de Engenheiro Civil, Canais e Portos ou com o Mestrado Qualificatório em Engenharia Civil, Canais e Portos (DESTINO CIN 309/2009) - que é a única profissão em que todos os seus profissionais possuem competência ampla e global. domínio da engenharia civil e obras públicas e Engenharia Técnica de Obras Públicas - ao qual se acede com o título de Engenheiro Técnico de Obras Públicas ou com o Grau de Habilitação de Engenharia Civil (Despacho CIN 307/2009) que é uma profissão com competências parciais consoante a especialidade estudada e que só pode exercer, segundo a jurisprudência, trabalhos menores e menores.
O actual regime baseia-se na actual Lei 12/1986, que regula as competências profissionais dos arquitectos técnicos e dos engenheiros técnicos e que confere competências e poderes no exercício da sua profissão única e exclusivamente no âmbito da respectiva especialidade técnica.
Este regime foi mantido pelo Real Decreto 1837/2008, de 8 de novembro, pelo qual a Diretiva 2005/36/CE, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 7 de setembro de 2005, e a Diretiva 2006/100/CE, do Conselho, de 20 de novembro de 2006, relativa ao reconhecimento das qualificações profissionais, são incorporadas no ordenamento jurídico espanhol. O Anexo VIII do referido RD 1837/2008 dispõe que a profissão de Engenheiro Técnico de Obras Públicas (como Engenheiro Técnico Aeronáutico, Engenheiro Técnico Agrícola, Engenheiro Técnico de Minas, Engenheiro Técnico de Telecomunicações, Engenheiro Técnico Florestal, Engenheiro Técnico Industrial, Engenheiro Técnico Naval) é uma profissão regulada por especialidades.
Com base nesta regulamentação, o Acórdão do Supremo Tribunal de 9 de outubro de 2013 confirmou que a Licenciatura em Engenharia Civil é uma licenciatura para “especialidades” (Construção Civil/ou Transportes e Serviços Urbanos/ou Hidrologia) e não “global” ou “generalista”. O Colégio de Engenheiros Civis, Canais e Portos apoiou, como co-réu, a posição da Administração do Estado (ANECA) confirmada pela Sentença. De acordo com o Acórdão, os títulos correspondentes à Licenciatura em Engenharia Civil podem implicar que o licenciado apenas possa exercer profissionalmente a profissão regulamentada de Engenharia Técnica de Obras Públicas na sua área de especialidade: ou na construção civil, ou na hidrologia, ou nos transportes e serviços urbanos.