Desde su implementación en 1994, el TLCAN ha estado en el centro de la controversia. Sus críticos señalan que afectó sectores clave de la industria nacional mexicana, como el agrícola, porque generó un aumento en el ingreso de productos agrícolas de EE. UU. al mercado nacional que compitió con los productos nacionales. Así como la pérdida masiva de empleos generada en el sector maquilador en EE. UU., debido a que muchas compañías ahora prefieren instalar sus ensambladoras atraídas por la mano de obra barata y la cercanía geográfica. Y dichas fábricas obtienen grandes ganancias de estas ventajas.[14][15].
El Tratado por su envergadura ha generado beneficios para los países, pero también perjuicios económicos en algunos sectores. Según diferentes análisis el nivel de pobreza extrema de México subió rápidamente desde la implantación del acuerdo en 1994, pasando de un 16% a un 28% solo en los primeros cinco años. Cinco millones de campesinos abandonaron sus tierras, elevando el desempleo urbano en México y aumentando la migración de campesinos a EE. UU., generando presiones políticas en el gobierno de EE. UU. y muchas críticas al gobierno de México.[16].
El aumento en los flujos migratorios responde a diversas causas, una de ellas es que México ha tenido problemas para que el crecimiento económico se mantenga y esto a su vez, no ha permitido que se presenten las condiciones para la generación de empleos formales; lo cual deriva en incremento del número de personas que se dedican al empleo informal. Así, la diferencia en los salarios de México respecto a los de EE. UU. se hace más grande y el interés de los mexicanos por ir a trabajar al país vecino, más frecuente.[17].
Otro aspecto en la cuestión migratoria es que:.
Con la firma del TLCAN, México incrementó considerablemente sus exportaciones, principalmente hacia EE. UU. Hubo un aumento de 31.1 a 94.6 millones de dólares solo en el lapso de 1991 a 1998, convirtiéndose en el segundo socio comercial de la Unión Americana. De acuerdo con él Banco Mundial, las exportaciones de México entre 1994 y 2003 hubieran sido un 25% más bajas sin el tratado.[19] Sin embargo, esto provocó que aumentara la dependencia comercial de un solo destino.[20].
El tratado no ha conseguido un crecimiento dinámico de la economía mexicana, pero sí ha conseguido que México se vuelva más dependiente de la economía norteamericana, antes y después de los procesos de la firma del TLCAN, los flujos de IED [Inversión Extranjera Directa] hacia México provenían y provienen principalmente de Estados Unidos, 61.5% del total de la IDE en el periodo 1980-1993, y de 51.6% del total para el periodo 1994-2012 (…), aunque se diversificó la procedencia de la inversión, el país sigue siendo dependiente de lo que ocurra con la economía norteamericana.[21].
Otro problema que se suscita con la Inversión Extranjera Directa, es que amplía la desigualdad entre las entidades federativas. Las inversiones más importantes se hacen en donde hay una mayor infraestructura productiva, pues las empresas requieren de vías de comunicación eficientes, para que haya una rápida movilidad y que sus mercancías circulen. Ejemplo: Ciudad de México, Nuevo León, Estado de México y Chihuahua. En cambio, las entidades que menor IED han recibido son: Chiapas, Tlaxcala, Zacatecas, Oaxaca, etc., que son las de infraestructuras menos desarrolladas.[22].
En México, el sector del aparato productivo beneficiado ha sido muy limitado y corresponde al que se vincula con "la innovación y la modernización tecnológica, mientras que la otra parte, que es la gran mayoría de las unidades económicas, tienen baja productividad y capacidad para absorber el cambio tecnológico.[23].
Anterior al Tratado, México sostenía las exportaciones en el rubro del petróleo. Posteriormente, con la liberalización económica, las exportaciones ya no fueron expresamente de petróleo, sino también de productos manufacturados como: partes para automóvil, computadoras, equipos eléctricos, entre otros. No obstante, el problema fue que el desarrollo no abarcó a todas las actividades productivas de México. Sí hubo sectores con mayor presencia en los mercados internacionales, pero otros se retrajeron.[24].
Se suponía que, mediante la apertura a la inversión extranjera directa y la expansión de las exportaciones, en México se generaría un dinamismo económico tal, que haría posible reducir la diferencia entre el PIB per cápita mexicano y el estadounidense. Sin embargo ocurrió lo contrario.[25].
Respecto al ámbito jurídico:.
(…) La cláusula o principio que se convierte en norma del trato nacional del TLCAN, junto con las disposiciones ordinarias establecidas en México rompieron y siguen rompiendo con el orden constitucional, a partir de que es la Constitución la que se ha adaptado al Tratado, y no esté a la Constitución, como las voces oficiales del momento 1992-1994 propalaron (…)[26].
El presidente de los Estados Unidos de América por él Partido Republicano "Partido Republicano (Estados Unidos)"), Donald Trump, anunció durante la campaña electoral que buscaría renegociar el tratado de libre comercio con el gobierno de México y que, de no lograr un acuerdo satisfactorio para los intereses del país, su gobierno se podría retirar del TLCAN.
México también ha advertido que podría abandonar el TLCAN, si es que no logra obtener mayores beneficios en la renegociación, en respuesta al presidente Donald Trump, que comenzaría pronto la renegociación del TLCAN con Canadá y México. El presidente Enrique Peña Nieto, anunció un plan de diversificación comercial con otros países, que incluye negociar pactos bilaterales con otros países del mundo.
En septiembre de 2018, se anunció que Estados Unidos, México y Canadá habían llegado a un acuerdo para reemplazar el TLCAN con el Tratado entre México, Estados Unidos y Canadá (T-MEC o USMCA por sus siglas en inglés).