Borobudur está construido como una gran estupa, y cuando es visto desde arriba toma la forma de un mándala budista, representando simultáneamente la cosmología budista y naturaleza de la mente.[33] La base es un cuadrado, con una medida aproximada de 118 metros por lado. Tiene nueve plataformas, de las cuales las seis inferiores poseen forma de cuadrado y las restantes son circulares. Las plataformas superiores presentan setenta y dos pequeñas estupas que rodean una más grande. Cada estupa tiene forma de campana y está decorada por distintos agujeros. Hay una estatua de Buda dentro de cada estupa.
Fueron utilizadas aproximadamente 55.000 m³ de piedras las cuales fueron tomadas de diversos ríos para construir el monumento.[34] Las piedras fueron cortadas, transportadas y puestas sin mortero "Mortero (construcción)"). Fueron utilizadas hendiduras y protuberancias para poder ensamblar las piedras entre sí. Los relieves "Relieve (arte)") fueron creados in situ después que el monumento fue terminado. El monumento está equipado con un sistema de drenaje para combatir las precipitaciones "Precipitación (meteorología)") presentes en la región. Para evitar inundaciones, fueron puestos 100 caños en cada esquina, los cuales tienen tallados gárgolas "Gárgola (arquitectura)") (makaras).
Borobudur difiere con el diseño general de este tipo de estructuras. En vez de estar construido sobre una superficie plana, Borobudur está construido en una colina natural. La técnica de construcción, sin embargo, es similar a la de otros templos en Java. Sin espacios interiores como otros templos y con la forma de una pirámide "Pirámide (construcción)"), Borobudur fue identificado en un principio como una estupa, en lugar de un templo (o candi en indonesio).[34] Una estupa es denominada como un sepulcro para Buda. Algunas veces las estupas fueron construidas como símbolos de alabanza budistas. Un templo, por otra parte, es utilizado como el hogar de una deidad y posee espacios interiores para la veneración. La complejidad del diseño, sin embargo, sugiere que la estructura en realidad es un templo. La adoración realizada en Borobudur se lleva a cabo como una peregrinación. Los visitantes son guiados mediante el sistema de escaleras y corredores ascendiendo hacia las plataformas superiores. Cada plataforma representa un estado de iluminación. El camino que guía a los peregrinos fue diseñado con símbolos sagrados basados en la cosmología budista.[35].
No se sabe mucho sobre el arquitecto Gunadarma").[36] Su nombre surgió del folclore de Java más que de inscripciones o escritos antiguos. Se dice que es quien "... lleva la regla, conoce las divisiones y piensa en él mismo como compuesto por partes".[36] La unidad de medida básica que utilizó durante la construcción es llamada tala, definida como la distancia entre la parte superior de la frente y la barbilla o la distancia entre el extremo del dedo pulgar y el extremo del anular cuando ambos están extendidos al máximo.[37] La unidad es obviamente relativa dependiendo de cada persona, pero el monumento posee medidas exactas. Una inspección llevada a cabo en 1977 reveló la presencia de la razón 4:6:9 a lo largo de todo el monumento. El arquitecto habría utilizado esta razón para trazar las dimensiones de Borobudur.[37] La razón fue también hallada en los templos cercanos de Pawon y Mendhut. Los arqueólogos postularon que la razón y dimensión tala están basadas en temas cosmológicos y astronómicos, como en el caso del templo budista Angkor Wat en Camboya.[36].
La estructura vertical se puede dividir en tres secciones: base, centro (o cuerpo) y cima, los cuales recuerdan la figura del cuerpo humano.[36] La base es un cuadrado de 123x123 m aproximadamente y tiene una altura de 4 metros.[34] El centro está compuesto por cinco plataformas cuadradas, las cuales van disminuyendo su altura a medida que se asciende. La primera terraza está ubicada a 7 metros del borde de la base. Las otras terrazas están a 2 metros, dejando un corredor angosto en cada plataforma. La cima consiste en 3 plataformas circulares, cada una posee un grupo de estupas perforadas, las cuales están distribuidas formando círculos concéntricos. Hay una cúpula principal al centro; la punta de esta es la parte más alta del monumento (35 metros sobre el nivel del suelo). El acceso a esta parte es mediante unas escaleras que poseen varias puertas, las cuales están resguardadas por 32 estatuas de leones "León (animal)"). La entrada principal está ubicada en la parte este, donde se encuentran los primeros relieves. En las laderas de la colina hay escaleras que conectan el monumento con la llanura.
La división del monumento simboliza las tres etapas de preparación mental para alcanzar la meta final según la cosmología budista, llamados Kamadhatu") (el mundo de los deseos), Rupadhatu") (el mundo de las formas) y finalmente Arupadhatu") (el mundo sin formas).[38] Kamadhatu es representado por la base, Rupadhatu por las cinco plataformas cuadradas (el centro), y Arupadhatu por las plataformas circulares y la estupa principal. La arquitectura de las tres estaciones presenta diferencias metafóricas. En Rupadhatu hay una estructura más recta y detallada, la cual desaparece para convertirse en las plataformas circulares de Arupadhatu.[39].
En 1885, fue descubierta una nueva estructura la cual estaba oculta bajo la base.[40] La "base oculta" posee relieves, 160 de los cuales corresponden a narraciones que describen el Kamadhatu real. Los relieves restantes son paneles con inscripciones cortas que aparentemente describen las instrucciones de los escultores, ilustrando la escena a ser tallada.[41] Un revestimiento oculta la verdadera base, cuya función permanece como un misterio. Se pensó que esta base debía ser cubierta para prevenir un posible hundimiento del monumento.[41] Existe otra teoría, la cual sostiene que fue agregado debido a un error en el diseño de la base original, el cual debía basarse en las indicaciones de Vastu Shastra, un antiguo libro de arquitectura y urbanismo.[40] El revestimiento, sin embargo, fue construido con un diseño detallado y meticuloso, el cual sirvió como compensación estética "Estética (filosofía)") y religiosa.