Antes de su restauración en 2003, el Palacio de los Reyes de Navarra (actual sede del Archivo Real y General de Navarra) se encontraba en un estado avanzado de degradación. Este deterioro fue consecuencia de siglos de uso continuado, intervenciones inadecuadas, abandono parcial y conflictos militares, que afectaron gravemente tanto la integridad estructural como el valor patrimonial del edificio. El complejo acumulaba diversas patologías constructivas que comprometían su estabilidad física y conservación histórica.
En primer lugar, se detectaron daños estructurales significativos: muros portantes debilitados, grietas generalizadas, colapsos parciales y deformaciones en estructuras de suelo, especialmente en las zonas superiores. Desde que dejó de funcionar como cuartel militar en 1971, el edificio sufrió abandono funcional y falta prolongada de mantenimiento, agravados por un uso inapropiado como cuartel, que alteró espacios y materiales originales. Es probable que las modificaciones derivadas del uso militar en los siglos y contribuyeran a un trazado interno desorganizado, con intervenciones que ignoraron la lógica constructiva tradicional y los materiales originales.
Además, el edificio fue dañado por varias explosiones históricas e incendios, como los ocurridos en el polvorín en 1675 y 1733. Estos eventos deterioraron tanto la apariencia exterior como la integridad de los materiales más expuestos. Otros daños provinieron de incendios intencionados ocurridos entre 1978 y 1983, dejando el edificio en un estado profundamente degradado y abandonado. Actos de vandalismo destruyeron partes del tejado, suelos de madera y acabados interiores. En ese momento, la población de Navarra expresó preocupación por la situación del edificio y el riesgo de pérdida irreversible del palacio.
Se infiere que, en el momento de la restauración, el edificio presentaba numerosas patologías causadas por la humedad en lo que se había convertido en un estado ruinoso. Al haber perdido gran parte del tejado y los suelos, la precipitación y las filtraciones de agua afectaron inevitablemente la conservación. La humedad penetraba tanto por capilaridad como a través de techos y sistemas de drenaje dañados. Estas condiciones húmedas provocaron la degradación de revestimientos, pérdida de mortero, aparición de eflorescencias salinas y proliferación biológica en varias áreas del edificio.
El abandono funcional durante gran parte del siglo , sumado al vandalismo y la falta de mantenimiento, aceleró el proceso de deterioro. En diciembre de 1994 se demolió más de la mitad del Palacio Real, a pesar de que esto no estaba previsto en el proyecto inicial. Las autoridades alegaron que la zona demolida había sido añadida posteriormente y no formaba parte de la estructura original. Sin embargo, algunos lo interpretaron como una violación de las leyes de protección del patrimonio y un incumplimiento en la defensa del Patrimonio Cultural y Artístico de Navarra.
Antes de la intervención de rehabilitación, la planta baja del palacio conservaba un patio de aproximadamente 20 x 20 metros, parcialmente porticado en dos lados. El pórtico estaba sostenido por pilares de madera de seis metros de altura coronados con ménsulas talladas con motivos zoomorfos. Estas ménsulas y pilares soportaban una galería superior cerrada añadida en el siglo , que recorría el nivel superior del patio. Asimismo, bajo la galería se encontraba una escalera noble gótica del siglo . También se conservaba un aljibe de gran importancia histórica en el centro del patio. Todos estos elementos —las ménsulas talladas, la galería superior, la escalera y el aljibe— fueron eliminados durante la intervención.
En el ala oeste del edificio, correspondiente a los antiguos aposentos reales, existía un salón en planta baja con un artesonado de madera decorado con motivos de hojas de roble, datado a finales del siglo . Este techo fue gravemente dañado por los incendios posteriores al abandono y finalmente no fue restaurado sino retirado. Hubo movilizaciones ciudadanas en defensa de estos elementos arquitectónicos históricos y contra su demolición, pero no fueron tenidas en cuenta por las autoridades competentes y no lograron impedir la pérdida de estos bienes patrimoniales.
La fotografía siguiente, tomada tras la demolición del ala este y la limpieza de la estructura medieval, muestra que solo quedó en pie el edificio construido en el siglo , durante el reinado de Sancho el Sabio. El estado del edificio antes de la rehabilitación era crítico, requiriendo una intervención integral para garantizar su conservación, funcionalidad y valorización como bien patrimonial de primer orden.
Algunas fachadas exteriores estaban tan dañadas que no pudieron ser restauradas con técnicas convencionales. Por ello, Rafael Moneo optó por reconstruirlas respetando las formas, materiales y texturas originales, envolviendo el volumen existente con nuevas fachadas de sillería. Este método no se aplicó a todo el edificio, motivo por el que las nuevas construcciones anexas se realizaron con la misma piedra pero tratada con técnicas modernas. Este contexto justificó la necesidad de una intervención global que combinara principios de conservación patrimonial con soluciones contemporáneas para adaptar la estructura a su nueva función como archivo histórico.