O custo de construção do edifício foi de US$ 144 milhões.[11]​ A decisão do arquiteto de eliminar o sistema HVAC usual economizou US$ 11 milhões.[13]​ Ao mesmo tempo, o uso não funcional de extensos guarda-sóis de metal dobrados ao nível do solo, que alguns acreditam ser puramente por razões estéticas e exigiram reforços significativos de aço galvanizado, acrescentou vários milhões de dólares ao custo do projeto.[11]​.

O projeto do Morphosis foi escolhido, pelo menos em parte, pela sua eficiência energética projetada, uma exigência da Administração de Serviços Gerais (GSA). No entanto, no momento da sua concepção, a GSA não exigia a certificação LEED, e o edifício só foi avaliado para esta certificação após a sua construção; o resultado foi negativo. Mayne disse: "Eu não era arrogante, mas estava confiante: simplesmente presumi que obteríamos a certificação de platina [mais alta do LEED]. "De repente, passamos pelo LEED e não funcionou." No final das contas, o edifício obteve apenas a certificação LEED prata, dois níveis abaixo da platina.[14]​.

O prédio tem sido criticado por seus funcionários por ser disfuncional. De acordo com um funcionário entrevistado pelo BeyondChron.com, “os trabalhadores tentam aliviar o calor abrindo as janelas, o que não só faz com que os papéis voem, mas, dependendo da distância da janela, torna praticamente impossível criar uma temperatura estável para todos os trabalhadores [...] alguns funcionários têm que usar guarda-chuvas para proteger seus cubículos do sol”.

Mayne acreditava que o governo federal deveria ser modelo na promoção da saúde do trabalhador e da prática de exercícios físicos. Isto levou-o a especificar que os elevadores de passageiros só param num em cada três pisos, o que significa que boa parte dos trabalhadores e visitantes têm de subir ou descer um ou dois pisos de escadas para chegar ao seu destino. Existem também elevadores para pessoas com mobilidade reduzida que param em todos os pisos, mas passaram a ser habitualmente utilizados também por pessoas sem problemas de mobilidade, causando congestionamentos.[14]​.

Ao contrário da maioria dos grandes edifícios governamentais, o Edifício Federal de São Francisco não possui refeitório dentro do próprio edifício. Em vez disso, a cafetaria foi colocada fora do edifício, na praça pública, mais uma vez devido à crença do arquitecto de que isso encorajaria os funcionários a caminhar, a interagir uns com os outros e a melhorar a sua saúde, uma situação que parece não ser apreciada por alguns dos dois mil e quatrocentos funcionários que trabalham no edifício.[14]

Em 2010, a GSA encomendou uma pesquisa para determinar a satisfação dos funcionários que trabalham em vinte e dois edifícios federais em todo o país, incluindo o Edifício Federal de São Francisco. Os edifícios incluídos neste estudo obtiveram índices de satisfação entre 13% e 98%; Dezessete dos vinte e dois edifícios obtiveram mais de 50% de satisfação. Embora incorpore muitos conceitos verdes de forma mais agressiva do que outros edifícios, o edifício com a menor satisfação dos funcionários foi o Edifício Federal de São Francisco, com apenas 13%; o próximo menos satisfatório obteve 26%. O edifício obteve pontuações significativamente inferiores à mediana nas categorias de conforto térmico, iluminação e acústica.[9]​.

Em 2020, o então presidente Donald Trump emitiu uma ordem executiva “sobre a promoção da bela arquitetura federal”. Esta ordem menciona o edifício como um exemplo de projeto insatisfatório, afirmando que "para projetar o Edifício Federal de São Francisco, a GSA escolheu um arquiteto que descreve seus projetos como arquitetura de" arte pela arte ", projetada principalmente para ser apreciada por outros arquitetos. Embora os arquitetos de elite elogiaram o resultado, muitos são franciscanos consideram-no um dos edifícios mais feios de sua cidade. "[15] Esta ordem executiva foi revogada pelo presidente Joe Biden em fevereiro de 2021.

O custo de construção do edifício foi de US$ 144 milhões.[11]​ A decisão do arquiteto de eliminar o sistema HVAC usual economizou US$ 11 milhões.[13]​ Ao mesmo tempo, o uso não funcional de extensos guarda-sóis de metal dobrados ao nível do solo, que alguns acreditam ser puramente por razões estéticas e exigiram reforços significativos de aço galvanizado, acrescentou vários milhões de dólares ao custo do projeto.[11]​.

O projeto do Morphosis foi escolhido, pelo menos em parte, pela sua eficiência energética projetada, uma exigência da Administração de Serviços Gerais (GSA). No entanto, no momento da sua concepção, a GSA não exigia a certificação LEED, e o edifício só foi avaliado para esta certificação após a sua construção; o resultado foi negativo. Mayne disse: "Eu não era arrogante, mas estava confiante: simplesmente presumi que obteríamos a certificação de platina [mais alta do LEED]. "De repente, passamos pelo LEED e não funcionou." No final das contas, o edifício obteve apenas a certificação LEED prata, dois níveis abaixo da platina.[14]​.

O prédio tem sido criticado por seus funcionários por ser disfuncional. De acordo com um funcionário entrevistado pelo BeyondChron.com, “os trabalhadores tentam aliviar o calor abrindo as janelas, o que não só faz com que os papéis voem, mas, dependendo da distância da janela, torna praticamente impossível criar uma temperatura estável para todos os trabalhadores [...] alguns funcionários têm que usar guarda-chuvas para proteger seus cubículos do sol”.

Mayne acreditava que o governo federal deveria ser modelo na promoção da saúde do trabalhador e da prática de exercícios físicos. Isto levou-o a especificar que os elevadores de passageiros só param num em cada três pisos, o que significa que boa parte dos trabalhadores e visitantes têm de subir ou descer um ou dois pisos de escadas para chegar ao seu destino. Existem também elevadores para pessoas com mobilidade reduzida que param em todos os pisos, mas passaram a ser habitualmente utilizados também por pessoas sem problemas de mobilidade, causando congestionamentos.[14]​.

Ao contrário da maioria dos grandes edifícios governamentais, o Edifício Federal de São Francisco não possui refeitório dentro do próprio edifício. Em vez disso, a cafetaria foi colocada fora do edifício, na praça pública, mais uma vez devido à crença do arquitecto de que isso encorajaria os funcionários a caminhar, a interagir uns com os outros e a melhorar a sua saúde, uma situação que parece não ser apreciada por alguns dos dois mil e quatrocentos funcionários que trabalham no edifício.[14]

Em 2010, a GSA encomendou uma pesquisa para determinar a satisfação dos funcionários que trabalham em vinte e dois edifícios federais em todo o país, incluindo o Edifício Federal de São Francisco. Os edifícios incluídos neste estudo obtiveram índices de satisfação entre 13% e 98%; Dezessete dos vinte e dois edifícios obtiveram mais de 50% de satisfação. Embora incorpore muitos conceitos verdes de forma mais agressiva do que outros edifícios, o edifício com a menor satisfação dos funcionários foi o Edifício Federal de São Francisco, com apenas 13%; o próximo menos satisfatório obteve 26%. O edifício obteve pontuações significativamente inferiores à mediana nas categorias de conforto térmico, iluminação e acústica.[9]​.

Em 2020, o então presidente Donald Trump emitiu uma ordem executiva “sobre a promoção da bela arquitetura federal”. Esta ordem menciona o edifício como um exemplo de projeto insatisfatório, afirmando que "para projetar o Edifício Federal de São Francisco, a GSA escolheu um arquiteto que descreve seus projetos como arquitetura de" arte pela arte ", projetada principalmente para ser apreciada por outros arquitetos. Embora os arquitetos de elite elogiaram o resultado, muitos são franciscanos consideram-no um dos edifícios mais feios de sua cidade. "[15] Esta ordem executiva foi revogada pelo presidente Joe Biden em fevereiro de 2021.