Krens, expansión del Museo e internacionalización de la Fundación
Thomas Krens, director de la Fundación Solomon R. Guggenheim de 1988 a 2008, dirigió la rápida expansión de la colección del museo.[42] En 1991, Krens aumentó la colección en gran medida tras adquirir la colección de Giuseppe Panza. Ensamblada por él, y por su esposa, Giovanna, la colección incluía ejemplos de esculturas minimalistas por artistas como Carl Andre, Dan Flavin y Donald Judd, y pinturas minimalistas "Minimalismo (pintura)") de artistas como Robert Mangold, Brice Marden y Robert Ryman; así como de arte post-minimalista, arte conceptual y arte perceptivo de artistas como Robert Morris, Richard Serra, James Turrell, Lawrence Weiner y muchos otros, notablemente trabajos producidos entre 1960 y 1970.[8][43] En 1992, la Fundación Robert Mapplethorpe obsequió 200 de sus mejores fotografías a la Fundación; esto incluía trabajos como collages, Polaroids, retratos de celebridades, auto-retratos, y fotografías con temáticas como desnudos, flores y estatuas. También contó con construcciones de técnicas mixtas, incluyendo el famoso "Auto-retreto" (1998) de Mapplethorpe. Con esta adquisición, la Fundación dio inicio a su programa de exhibición fotográfica.[8].
También en 1992, el espacio del edificio del museo fue expandido tras la construcción de una torre adicional, erigida detrás del edificio original, y más grande que este último; de igual manera, hubo renovaciones en el edificio original.[23] La nueva torre fue diseñada por la compañía de arquitectura "Gwathmey Siegel & Associates",[44] quienes analizaron los bocetos originales de Wright para diseñar la torre de 10 pisos, de piedra caliza, la cual proveería de un espacio estructural mucho más pequeño. Además, la torre albergaría 4 galerías de exhibición adicionales con paredes planas "más apropiadas para exhibir algunas de las piezas".[15][23] En la construcción del edificio original, la galería principal del tragaluz había sido cubierta, la cual comprometía los efectos de iluminación articulados cuidadosamente por Wright. Esto cambió en 1992, cuando el tragaluz fue restaurado a su diseño original.[19] Para ese entonces, el edificio original ya era reconocido como un icono de la ciudad, y la construcción de la torre adicional fue un tanto controversial.
Para financiar dichos movimientos, controversialmente, la Fundación vendería algunos trabajos por Kandinsky, Chagall y Modigliani para conseguir alrededor de $47 millones de dólares, atrayendo criticismo por intercambiar trabajos de "maestros" por trabajos de rezagados "de moda". El crítico Michael Kimmelman del periódico americano The New York Times escribió que las ventas "estiraron la normas aceptadas de colección de arte, más allá de lo que cualquier otra institución americana estuviera dispuesta a hacer".[19][45] Krens defendió sus decisiones como "consistentes" con los principios de la Fundación y del Museo, incluyendo la expansión internacional de la colección, y la construcción de la colección de posguerra, para "fortalecer nuestras posiciones de la preguerra"[43] y señaló que ventas como la del Museo son practicadas regularmente por otros museos.[45] Simultáneamente, él expandió la presencia internacional de la Fundación, abriendo museos en otros países.[46] Krens también fue criticado por su característico estilo de negocios, y por el populismo y comercialización que recibió.[47][48] Un escritor comentó que "Krens había sido, tanto aclamado como criticado, por cambiar lo que antes era una institución pequeña neoyorquina en una marca mundial, creando la primera institución multinacional de arte real... Krens transformó el Guggenheim a una marca de renombre ampliamente conocida en el mundo de las artes".[49].
Bajo su administración, el Museo montó algunas de sus exhibiciones más populares hasta el momento, incluyendo "África: el Arte del Continente" en 1996; "China: 5,000 años" en 1998, "Brasil: Cuerpo y Alma" en 2001 y "El Imperio Azteca" en 2004.[50] También mostró ocasionalmente exhibiciones poco usuales, por ejemplo una instalación de arte comercial de motocicletas. La revista The New Criterion, por Hilton Kramer (originalmente crítico de arte del periódico The New York Times), condenó esta última exposición, titulada "El Arte de la Motocicleta".[47][51] En 2009, una retrospectiva del trabajo de Frank Lloyd Wright, en su 50 aniversario, se exhibió la apertura del Museo Guggenheim, y se dio a conocer que "el Arte de la Motocicleta" había sido la exhibición más popular de Museo para 1992.[6].
En 2001, el museo inauguró el Centro de Educación de Arte Sackler para el público, el cual contaría con otra parte del diseño original de Wright, financiado por la familia de Mortimer D. Sackler.[52] Localizado justo debajo de la grande rotunda, esta instalación de 8,200 pies cuadrados albergaría clases y conferencias sobre artes visuales, performance, y la oportunidad de interactuar con las colecciones, tanto especiales como la permanente, a través de sus laboratorios, sus espacios de exhibición, y sus aulas, así como en el Teatro Peter B. Lewis.[52] Además, en 2001, la Fundación fue obsequiada la gran colección de la Fundación Bohen, la cual, durante dos décadas, había adquirido nuevas pieces de arte, en las que destacan películas, videos, fotografías y nuevos medios de comunicación. Algunos artistas incluidos en la colección fueron Pierre Huyghe, Sophie Calle y Jac Leirner.[2].